Behörighetskrav

120 hp med 60 hp kemi inkl. minst Biokemi, 10 hp, eller motsv.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• beskriva och diskutera krafter och interaktioner mellan biomakromolekyler och mellan små molekyler och biomakromolekyler utifrån termodynamiska principer
• beskriva och diskutera begreppen affinitet och selektivitet utifrån stereokemiska och termodynamiska principer
• beskriva och diskutera de underliggande principerna för molekylär igenkänning utifrån tredimensionella strukturer av biomakromolekylers komplex med andra biomakromolekyler eller med små molekyler
• beskriva och diskutera dynamik och plasticitet hos proteiner i förhållande till molekylär växelverkan, särskilt affinitet och selektivitet
• använda molekylgrafik för att studera struktur hos biomakromolekyler och deras komplex
• beskriva och diskutera molekylär igenkänning av proteiner, kolhydrater, nukleinsyror och lipider av små syntetiska molekyler
• beskriva och diskutera användningsområden för kemiska föreningar som designats och syntetiserats för att känna igen proteiner och andra biomakromolekyler

Innehåll

Krafter mellan molekyler: Selektivitet, affinitet.

Entropi och molekylär igenkänning: Multivalens, aviditet

Struktur och dynamik hos biomakromolekyler och deras komplex: Stereokemi och komplexering, protein-protein växelverkan, DNA-protein växelverkan, RNA-protein växelverkan, inhibering av protein-protein växelverkan, proteiners plasticitet.

Små molekylers växelverkan med proteiner: Design av högaffina bindare för proteiner, deras komplex och domäner. Kinetik och molekylär växelverkan, metoder för bestämning av hög och låg affinitet.

Molekylgrafik och strukturinformation, exempel från molekylär växelverkan in vitro och in vivo.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar samt i stor utsträckning i form av laborativa och teoretiska övningar och projekt. Övningar och projekt är obligatoriska och utföres individuellt.

Examination

Experimentella (5 hp) och teoretiska övningar och projekt (10 hp) examineras vid slutet av kursen. Slutbetyg för kursen ges som ett viktat medelbetyg för samtliga obligatoriska moment.