Behörighetskrav

150 hp inklusive (1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, eller (2) 90 hp biologi, i båda fallen inklusive Allmän och molekylär systematik, 10 hp, eller Evolutionära mönster, 15 hp.

Mål

Kursen syftar till att ge studenten en uppsättning verktyg (i form av Perl, mySQL och R) för att hantera, lagra, strukturera, analysera och visualisera data i ett molekylärsystematiskt projekt.

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• välja och tillämpa existerande applikationer i Perl, mySQL och R
• utforma enklare databaser i mySQL
• skriva nya eller modifiera existerande skript (i Perl, SQL och R) för att lösa enklare problem
• skissera lösningar på informationsflöde baserat på Perl, R och SQL för ett systematiskt forskningsprojekt

Innehåll

Kursen presenterar och använder de inom bioinformatiken populäraste öppna miljöerna för att utforma praktiska lösningar på konkreta problem inom systematiken.

- Automatisering av bioinformatisk datahantering; tillämpning av bioinformatik, från process till algoritm, att lösa problem genom programmering

- Biologiska databaser med mySQL; vanliga databastyper, utformning av relationella databaser, konfigurering av mySQL server, datahantering med SQL

- Automatisering med Perl; grundläggande syntax och logik, referenser, subrutiner och moduler, reguljära uttryck, filhantering, Perl DBI

- Numerisk dataanalys med R; datastrukturer, import av data, visualisering, program i R, multivariat dataanalys (anhopning, PCA, klassificering) i R, programpaket i R, gränsyta mot mySQL

- Programmering för webben; Apache web server, HTML och XHTML, CGI med Perl, CSS, Ecmascript, visualisering med Perl, CGI och R

Undervisning

Undervisningen ges i form av nätundervisning

Examination

Delkurser: Teori 2 hp, Laborationer 3 hp

Teoridelen examineras med ett datorbaserat prov