Behörighetskrav

150 hp avslutade kurser, inklusive alt. 1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, alt. 2) 90 hp biologi, samt i båda fallen Evolutionär genetik 15 hp eller Mikrobiell genetik 15 hp.

Mål

Kursen fokuserar på teori och metoder som kan appliceras på data från storskalig sekvensering för att belysa olika evolutionära frågeställningar. Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• sätta samman råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
• välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem
• ge exempel på evolutionära mekanismer på genomisk nivå
• redogöra för

  -grundläggande evolutionära processer på molekylär nivå

  -principerna kring inferens av evolutionära mekanismer baserad på genomisk variation

  -principerna kring analys av DNA sekvenser och genuttryck

  -de krafter och mekanismer som styr förändringar i genomets struktur och storlek och kunna sätta in dessa i ett evolutionärt/fylogenetiskt perspektiv

  -kopplingen mellan evolution på molekylär och fenotypisk nivå

• självständigt använda

  -statistiska metoder för att återskapa och analysera evolutionära processer på DNA nivå

  -datorbaserade metoder för genomanalys av genuttryck

• diskutera evolutionära processer på genomisk nivå från olika perspektiv
• kritiskt granska och kommunicera principer, problem och forskningsresultat

Innehåll

Kursen inkluderar följande delmoment:

Storskalig sekvensering: Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information. Analys av genuttryck med storskalig sekvensering av RNA.

Populationsgenomik: Krafter som styr evolution av DNA-sekvenser (mutation, drift, selektion, rekombination), genetisk variation inom och mellan populationer, statistisk analys av DNA-sekvenser, associationskartering

Genuttryck: Naturlig variation i geners reglering/uttryck och dess betydelse för evolutionen

Genomevolution: Mekanismer som styr genomens arkitektur och innehåll, såsom t.ex. duplicering av gener och genom, horisontell genöverföring och förlust av gener. Evolutionära samband mellan genomiska och fenotypiska förändringar

Undervisning

Undervisningen inkluderar föreläsningar, datorlaborationer, seminarier och projektarbete. Deltagande i datorlaborationer, seminarier och projektarbeten är obligatoriskt.

Examination

Delkurser: Teori 5 hp; Laborationer 3 hp; Seminarier 2 hp; Projektarbete 5 hp.

Teoridelen examineras genom ett skriftligt prov. Delkursen laborationer fordrar genomförda laborationer samt laborationsrapporter. Seminarierna fordrar aktivt deltagande och delkursen projektarbete redovisas muntligen och skriftligen.