Behörighetskrav

150 hp avklarade kurser inklusive alt. 1) 60 hp biologi och 30 hp kemi; alt. 2) 90 hp biologi; alt. 3) antagen till masterprogrammet i kemi, inriktning biokemi.

Mål

Det övergripande målet med denna kurs är att ge studenten avancerade kunskaper om relationen mellan makromolekylers struktur och funktion. Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• redogöra för grunderna för biologiska makromolekylers uppbyggnad och egenskaper
• förklara strukturella mekanismer för hur viktiga biologiska processer sker och kontrolleras: t.ex. katalys, cellsignalering, transkription, och translation
• förklara uppbyggnad av komplex som ribosomer och proteasomer och av aggregat som filament och tubuli
• redogöra för principerna för de viktigaste metoderna för strukturanalys: röntgenkristallografi, NMR och elektronmikroskopi och analysera kvaliteten i de modeller som metoderna leder till
• analysera strukturella detaljer i makromolekyler med hjälp av molekylgrafikprogram
• använda databaser med information om makromolekylers struktur och funktion
• använda, analysera och kritiskt granska resultat av metoder för förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur av makromolekyler
• förklara grundläggande koncept och kritiskt granska relativa styrkor och svagheter hos beräkningsbiologiska metoder

Innehåll

Grundläggande strukturbiologi och strukturell bioinformatik

Metoder för experimentell strukturbestämning av makromolekyler och komplex. Grundläggande makromolekylär struktur, proteiner, DNA och RNA . Biologiska sekvens- och strukturdatabaser. Samband mellan sekvens, struktur och funktion. Förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur baserat på sekvensdata. Strukturanalys och klassificering av proteiner i strukturfamiljer.

Cellens strukturbiologi

Makromolekylär struktur och funktion i bland annat transkription, translation och veckning. Veckningsprocessen och strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik.

Enzymers struktur och funktion

Bindningsspecificitet, katalys och kooperativitet i enzymer och receptorer. Introduktion till datormodellering av ligandbindning, proteinveckning och enzymkatalys.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar, datorövningar, laborationer, seminarier och projekt. Deltagande i datorövningar, laborationer, seminarier och projekt är obligatoriskt.

Examination

Delkurser: Teori 7 hp; Seminarier, datorövningar och laborationer 3 hp; Projekt 3,5 hp; Skriftlig rapport i beräkningsbiologi 1,5 hp

Teorin examineras genom skriftliga prov. Seminarier, datorövningar och laborationer fordrar aktivt deltagande. Projektet examineras genom skriftlig och muntlig redovisning.

Övriga föreskrifter

Kan ej tillgodoräknas i examen samtidigt med 1BG351 Biomolekylers struktur och funktion 10 hp.