Behörighetskrav

120 hp, inklusive alt. 1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap; alt. 2) 90 hp biologi.

Mål

De övergripande målen med kursen är att ge en fördjupad kunskap om mikroorganismer genetiska och funktionella mångfald i olika ekosystem, samt en grundläggande förståelse för de metoder som används inom området. Efter godkänd kurs skall studenten kunna:

• redogöra för vanligt förekommande grupper av bakterier och arkéer i olika ekosystem, samt deras inblandning i biogeokemiska nyckelprocesser i dessa miljöer.
• redogöra för odlingsoberoende metoder för studier av mikrobiella samhällens sammansättning, och för enskilda gruppers funktion och förekomst.
• redogöra för genomik-baserade metoder för att studera mikrobiell mångfald i naturen, och för de mekanismer som ligger till grund för densamma.
• beskriva betydelsefulla interaktioner inom mikrobiella samhällen, och mellan mikroorganismer och olika växter och djur.
• värdera, syntetisera och presentera vetenskapliga studier av genetisk och funktionell mikrobiell mångfald i olika ekosystem.
• använda de bioinformatiska verktyg och databaser som vanligen används för att studera mikrobiell mångfald.

Innehåll

Mikrobiell mångfald i akvatiska och terrestra system, samt i olika typer av extrema miljöer och andra modellsystem. Tyngdpunkten ligger dels på de molekylära metoder som används inom forskningsfältet, dels på vilken betydelse mångfald har för mikrobiella samhällens funktion i olika ekosystem, samt på de mekanismer som skapar och reglerar mångfald inom mikrobiella samhällen. De senaste teknikerna och rönen inom metagenomiken, dvs. direkt DNA-sekvensering av hela mikrobiella samhällen från olika ekosystem, diskuteras ingående. Under kursens senare del genomför studenterna en litteratursammanställning inom ett fördjupningsområde som bestäms i samråd med kursledningen. Denna litteraturöversikt presenteras såväl skriftligt som muntligt i seminarieform.

Undervisning

Undervisningen består av föreläsningar och laborationer.

Examination

Skriftlig tentamen motsvarande 3 hp, godkänd övning samt godkänt fördjupningsarbete motsvarande 2 hp.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övergångsbestämmelser

Kursen kan ej samtidigt tillgodoräknas i examen med 1BG 339 Mikrobiell mångfald 10 hp.