Behörighetskrav

Avklarade kurser om 150 hp inklusive (1) 60 hp biologi samt 30 hp kemi eller 30 hp geovetenskap, eller (2) 90 hp biologi. I båda fallen inklusive antingen Allmän och molekylär systematik, 10 hp, eller de två kurserna Evolutionära processer, 15 hp och genomgången Evolutionära mönster, 15 hp. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Kursen syftar till att ge studenten en uppsättning verktyg (i form av Perl, relationsdatabaser och R) för att hantera, lagra, strukturera, analysera och visualisera data i ett molekylärsystematiskt projekt.

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• välja och tillämpa existerande applikationer i Perl, relationsdatabaser och R
• utforma enklare relationsdatabaser
• skriva nya eller modifiera existerande kod (i Perl, SQL och R) för att lösa enklare problem
• skissera lösningar på informationsflöde baserat på Perl, R och SQL för ett systematiskt forskningsprojekt

Innehåll

Kursen presenterar och använder de inom bioinformatiken populäraste öppna miljöerna för att utforma praktiska lösningar på konkreta problem inom systematiken.

- Automatisering av bioinformatisk datahantering; tillämpning av bioinformatik, från process till algoritm, att lösa problem genom programmering.

- Biologiska relationsdatabaser; vanliga databastyper, utformning av relationella databaser, datahantering med SQL.

- Automatisering med Perl; grundläggande syntax och logik, referenser, subrutiner och moduler, reguljära uttryck, filhantering, Perl DBI.

- Numerisk dataanalys med R; datastrukturer, import av data, visualisering, programpaket i R, gränsyta mot databaser.

- Programmering för webben; Apache web server, HTML, Perlprogrammering för webben och CSS.

Undervisning

Undervisningen ges i form av nätundervisning

Examination

Delkurser: Teori 2 hp, Laborationer 3 hp

Teoridelen examineras genom aktivt deltagande i webbseminarier och webbfora. Laborationerna examineras genom inlämningsuppgifter.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.