Behörighetskrav

Examen på grundnivå om minst 180 hp inklusive: Alt. 1) 15 hp matematik eller statistik samt 45 hp biologi varav 30 hp i molekylärbiologi, cellbiologi, evolution eller genetik; Alt. 2) 30 hp matematik och 30 hp datavetenskap varav minst 5 hp databaskunskap.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• redogöra för och använda metoder inom sekvensbioinformatik, såsom sekvensinpassning, fylogenetisk analys och mönsterigenkänning,
• redogöra för och använda metoder inom strukturbioinformatik, såsom klassificering av proteinstrukturer, strukturprediktion, simuleringar och struktur-baserad läkemedelsdesign,
• kritiskt analysera och sammanställa resultat från bioinformatiska analyser,
• lösa givna biologiska problem genom att använda lämpliga bioinformatiska metoder och databaser,
• använda Linux på en grundläggande nivå inklusive att läsa och skriva shellskript,
• sammanfattta och redogöra för bioinformatikens möjligheter, begränsningar och roll i samhället.

I kursen ingår delkursen Generiska kompetenser. Efter godkänd delkurs ska studenten kunna:

• redogöra för etiska aspekter på forsknings- och utvecklingsarbete, inklusive plagieringsfrågor och lika villkor/lika behandling,
• Självständigt planera sina studier utifrån sitt kunskapsbehov.

Innehåll

Grundläggande sekvens- och strukturbioinformatik samt introduktion till bioinformatiska algoritmer. Parvis och multipel sekvensinpassning. Metoder för fylogenetisk analys och mönsterigenkänning. Bioinformatiska databaser och servrar. Klassificering och jämförelse av proteinstrukturer. Förutsägelse av sekundär och tertiär struktur från sekvens- och homologimodellering av proteiners tredimensionella struktur. Molekyldynamiksimuleringar och molekylär dockning med tillämpningar inom läkemedelsdesign. Tillämpningar av bioinformatisk forskning. Datorlaborationer i bioinformatisk forskningsmiljö. Introduktion till Linux och shellskript. Etik, plagiat och lika villkor/lika behandling.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Generiska kompetenser: skriftliga prov och genomförd studieplanering (1 hp). Den som har läst en kurs innehållande modulen Generiska kompetenser kommer ta Generiska kompetenser 2, som examineras genom aktivt deltagande i seminarium och genomförd studieplanering.

Sekvensbioinformatik: skriftligt prov (2,5 hp) och laborationsrapporter (1 hp).

Strukturbioinformatik: skriftligt prov (2,5 hp) och laborationsrapporter (1 hp).

Introduktion till Linux: laborationsrapporter (1 hp).

Bioinformatikens möjligheter, begränsningar och roll i samhället: skrivuppgift, muntlig presentation (1 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övriga föreskrifter

Kursen kan inte ingå i examen tillsammans med 1BG425 eller 3FF209.