Behörighetskrav

Alt 1. 120 hp. Programmeringsteknik II

Alt 2. 120 hp. Introduktion till bioinformatik (kan läsas parallellt). Introduktion till programmering, beräkningsvetenskap och statistik (kan läsas parallellt)

Alt 3. 120 hp. Introduktion till bioinformatik (kan läsas parallellt). 30 hp matematik tillsammans med 30 hp datavetenskap. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• använda skriptspråk för att lösa vetenskapliga problem inom t ex bioinformatik eller inom ingenjörstillämpningar;
• använda befintliga moduler och skriva program med flera samverkande komponenter;
• använda en integrerad utvecklingsmiljö;
• skriva shellskript och kombinera shellskript med Python.

Innehåll

Kursen är avsedd för studenter på avancerad nivå som behöver använda programmering i ett skriptspråk för att lösa ingenjörsproblem framför allt kopplade till bioinformatik och hantering av data. Kursen är i hög grad tillämpningsdriven, det är hantverket vid användning av skriptspråk tillsammans med användning av shellskript som står i fokus.

Datatyper, reguljära uttryck, funktioner och moduler i Python. Skriva kod för plottning av data (matplotlib) och för hantering av numeriska data (numpy), samt för analys av genetiska data. Användning av en integrerad utvecklingsmiljö (IDE) och testning, felsökning och dokumentation. . Användning av Linux via bash (t ex pipelines och kommandon som grep, awk etc). Shellskript.

Undervisning

Laborationer. Små programmeringsuppgifter och återkopplingspass kopplade till dessa.

Examination

Inlämningsuppgifter och projektuppgift med muntlig redovisning.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Övriga föreskrifter

Kursen samläses med delar av 1TD046 Programmering, bryggningskurs 10hp, och kan inte räknas i examen tillsammans med denna.