Studentprojekt inom biofysik
Vi söker ständigt studenter som är intresserade av att delta i forskningsprojekt. Kontakta forskarna nedan för att diskutera möjliga projektämnen och aktuella möjligheter.
Avbildning av biologiska strukturer
Arbeta med linsfri röntgenavbildning, frielektronlasrar för röntgenstrålning och kryoelektronmikroskopi för att studera biologiska strukturer. Projekten kan omfatta diffraktion, bildrekonstruktion, simuleringar och metoder för provleverans i syfte att utvinna strukturell information ur röntgenavbildningsdata. Aktuell forskning omfattar även kryoelektronmikroskopi (kryo-EM) för tidsupplösta studier.
Verktyg och metoder: Avbildning av enskilda partiklar (SPI), koherent diffraktiv avbildning, kryo-EM, Condor, Hawk och röntgenptykografi.
Kontakt: Filipe Maia · filipe.maia@icm.uu.se
Biomaterial och molekyldynamik
Studera biomaterial som cellulosa, lignin och trä med hjälp av atomistiska modeller och molekyldynamiska simuleringar. Projekten kan undersöka molekylär struktur, växelverkan, fukt och materialegenskaper på olika längdskalor.
Verktyg och metoder: GROMACS, atomistisk molekyldynamik, finita elementmetoden (FEM), röntgendatortomografi och flerskalemodellering.
Kontakt: Malin Wohlert · malin.wohlert@angstrom.uu.se
Nanobioteknik och atomistisk beräkningsbaserad materialvetenskap
Använd atomistisk beräkningsbaserad materialvetenskap för att studera nanobiologiska system med syfte att detektera enskilda molekyler. Projekten kan bland annat handla om nanoporer för sekvensering av DNA och proteiner.
Verktyg och metoder: Täthetsfunktionalteori (DFT) med SIESTA, beräkningar av elektrontransport med hjälp av icke-jämvikts-Greensfunktionsmetoden (NEGF) samt molekyldynamiska simuleringar med NAMD eller GROMACS.
Kontakt: Ralph Scheicher · ralph.scheicher@physics.uu.se
Molekyldynamik och växelverkan mellan röntgenstrålning och materia
Använd molekyldynamiska simuleringar för att studera proteiner, joner och organiska molekyler, inklusive hur de påverkas av elektriska fält, laserfält och vattenytor. Projekten kan även undersöka jonisation, strålningsskador och växelverkan mellan intensiva röntgenpulser och biologiskt material.
Verktyg och metoder: GROMACS, MolDStruct, molekyldynamik, täthetsfunktionalteori (DFT), MS SPIDOC (www.ms-spidoc.eu) samt experiment vid frielektronlasrar för röntgenstrålning (XFEL) och synkrotronljusanläggningar.
Kontakt: Carl Caleman · carl.caleman@physics.uu.se
Proteindynamik och molekylära växelverkningar
Studera dynamiken och växelverkan hos proteiner och proteinkomplex genom att kombinera simuleringar med masspektrometriska experiment. Projekten kan undersöka proteiners struktur och rörelser i lösning och i gasfas.
Verktyg och metoder: GROMACS, molekyldynamik, nativ masspektrometri, jonmobilitetsmasspektrometri (IM-MS) och beräkningar av kollisions-tvärsnitt.
Kontakt: Erik Marklund · erik.marklund@kemi.uu.se
Växelverkan mellan ultrasnabb röntgenstrålning och materia
Studera vad som händer när biologiska prover och andra material utsätts för intensiva, ultrakorta röntgenpulser. Projekten kan omfatta jonisation, elektron- och atomdynamik, plasmabildning, strålningsskador och extrema materietillstånd.
Verktyg och metoder: GROMACS, MolDStruct, plasmamodellering utanför lokal termodynamisk jämvikt (icke-LTE), röntgenspektroskopi samt experiment vid frielektronlasrar för röntgenstrålning (XFEL) och synkrotronljusanläggningar.
Kontakt: Nicusor Timneanu · nicusor.timneanu@physics.uu.se