Lipidomik

Lipidomik, ett område inriktat på storskalig analys av cellulära lipider, har utvecklats snabbt sedan dess framväxt i början av 2000-talet. Lipidomik möjliggör identifiering och kvantifiering av olika lipider. Till skillnad från metabolomik, som huvudsaklingen fokuserar på analys av metaboliter—substrat, intermediärer och produkter av cellulär metabolism.

Om lipider

Lipidklasser omfattar en mängd olika molekyler, inklusive fria fettsyror, triacylglyceroler, diacylglyceroler, monoacylglyceroler, fosfatidylinositoler (PIs), fosfatidyletanolaminer (PEs), fosfatidylkoliner (PCs), fosfatidsyror (PAs), fosfatidylglyceroler (PGs), lysosofosfatidylkoliner (lysoPCs), lysosofosfatidylseriner (lysoPSs), lysosofosfatidylglyceroler (lysoPGs), lysosofosfatidylinositoler (lysoPIs) samt intermediärer i sfingolipidbiosyntesen, sfinganiner, ceramider, sfingomyeliner, sulfatider, cerebrosider och gangliosider. LIPID MAPS® Structure Database (LMSD) innehåller för närvarande 48 548 unika lipidstrukturer (https://www.lipidmaps.org/).

Oriktad lipidomik

Vi använder högupplöst masspektrometri (HRMS) kombinerat med ultrahögpresterande vätskekromatografi (UHPLC) för att analysera lipidomet i både positiv och negativ jonisering (polaritetsväxling). Deuterierade interna lipidstandarder från 14 olika lipidklasser används för datanormalisering, vilket ger noggrann relativ kvantifiering. Upp till 7 000 sk. features i typiska biologiska prover kvantifieras relativt. QC-prover injiceras flera gånger under analysen för att övervaka instrumentets stabilitet (plattformens variabilitet, retentionstidsförskjutning, massförskjutning, etc.) och provstabilitet för att säkerställa högkvalitativa datamängder. QC-data utvärderas med hjälp av multivariat statistik. Identifiering av metaboliter utförs in silico och med hjälp av ett bibliotek med ämnen som innehåller >900 metaboliter som vi byggt upp.

Plattformens styrkor

Inkorporering av deuterierade lipidstandarder möjliggör noggrann relativ kvantifiering för jämförelser mellan prover. MS/MS ger hög säkerhet i lipididentifiering.

Lipididentifiering

Nivå 3 tillhandahålls som ett valfritt alternativ (vid förfrågan) genom att använda noggrant uppmätta massor (fel ≤2 ppm) för att söka i lipidomikdatabaser för preliminära uppdrag med förmodade identiteter. Nivå 1 och Nivå 2 tillhandahålls för att identifiera och strukturellt bekräfta statistiskt relevanta lipidbiomarkörer genom att kombinera metabolom/ lipidomdatabassökning, LC-MS och LC-MS/MS spektral matchning och tolkning, med hjälp av ett internt bibliotek bestående av >900 autentiska föreningar. På begäran kan vi utföra ytterligare LC-MS och LC-MS/MS-körningar och förvärva nya standarder (om tillgängliga) för att bekräfta identiteten på nya metaboliter som för närvarande inte finns i vårt bibliotek.

Exempeldata

Serum: I en uppsättning på 120 prover hittades 3 462 lipid features över alla prover (med 10% saknade värden) med 2 936 förmodade tilldelade identiteter.