Metabolomik - opolära metaboliter

Metabolomik innebär studier av metabolomet, dvs den kompletta uppsättningen av metaboliter inom ett biologiskt system. Genom att identifiera, kvantifiera och analysera dessa små molekyler ger metabolomiken en detaljerad bild av biokemisk aktivitet i celler, vävnader eller vätskor. Metaboliter, som inkluderar föreningar som aminosyror, kolhydrater och vitaminer, är avgörande för att upprätthålla cellfunktion och homeostas. Störningar i deras mönster kan leda till sjukdomar, vilket gör metabolomik viktigt för att upptäcka biomarkörer, förstå metabola vägar och utforska effekterna av interventioner på metabolisk hälsa. Human Metabolome Database listar för närvarande över 220 000 metaboliter, vilket ger värdefulla insikter om mänsklig hälsa och sjukdom.

Oriktad metabolomik

Omvänd fas kromatografi är idealisk för att separera och analysera icke-polära till måttligt polära metaboliter, såsom lipider, fettsyror, vissa aminosyror och hormoner. Vi använder ultrahögpresterande vätskekromatografi (UPLC) i separationsläget för omvänd fas LC, kopplad till högupplöst (70 000 FWHM) Orbitrap-masspektrometri. Upp till 10 000 metabolitfunktioner i typiska biologiska prover (serum, plasma, CSF) kvantifieras relativt i positivt detektionsläge. QC-prover injiceras flera gånger under hela analysen för att övervaka instrumentets stabilitet (plattformens variabilitet, retentionsskifttid, och masskift) och provstabilitet för att säkerställa högkvalitativa datasätt. QC-data utvärderas för varje datasätt med multivariat statistik. Identifiering av metaboliter utförs in silico och med hjälp av ett bibliotek med ämnen som innehåller >900 metaboliter som vi byggt upp.

Plattformens styrkor

Assayen har hög reproducerbarhet och kompatibilitet med ett brett spektrum av metabolitklasser, särskilt icke-polära föreningar. Metoden ger relativ kvantifiering av hydrofila till lipofila metaboliter och lipider genom oriktad metabolomikanalys kombinerad med databassökning och antagna metabolit-ID baserat på exakta massor.

Metabolitidentifiering

Nivå 3 tillhandahålls som ett alternativ (vid förfrågan) genom att använda exakt uppmätta massor (fel ≤5 ppm) för att söka i metabolomdatabaser för preliminära metabolitbestämningar med antagna identiteter. Nivå 1 och Nivå 2 tillhandahålls för att identifiera och strukturellt bekräfta statistiskt relevanta metabolitbiomarkörer genom att kombinera metabolom/lipidom-databassökning, LC-MS och LC-MS/MS spektral matchning och tolkning, med hjälp av ett internt bibliotek bestående av över 900 autentiska metabolitföreningar. Vid förfrågan kan vi utföra ytterligare LC-MS och LC-MS/MS-körningar och anskaffa nya standarder (om tillgängliga) för att bekräfta identiteten hos nya metaboliter som för närvarande inte finns i vårt bibliotek.

Exempeldata

Serum: I en uppsättning av 120 prover hittades 8 404 metabolit- och lipidfeatures i alla prover (med 10% saknade värden tillåtna). I en uppsättning av 1 860 prover hittades 4 544 metabolit- och lipidfunktioner i alla prover (med 10% saknade värden tillåtna).