Proteomik och bioinformatik
Proteomik är studiet av proteiner och en organisms proteom är hela dess uppsättning av proteiner. Proteiner är viktiga för läkemedelsdispositionen eftersom de kan underlätta flödet in i och ut ur cellerna, s.k. transportproteiner. En annan viktig klass för läkemedelsdisposition är metaboliserande proteiner. De metaboliserar, som namnet antyder, sina substrat. Att förstå proteinernas funktion, förekomst och lokalisering är därför avgörande för att förstå läkemedelsdispositionen. Vid riktad proteomik mäts och kvantifieras en liten delmängd av proteomet med hög noggrannhet. Inom global proteomik är målet att mäta hela proteomet. Både riktad och global proteomik används i vårt labb.
En cells fenotyp uppkommer genom dess globala proteinuttrycksprofil. Detaljerad kunskap om proteinuttryck hjälper därför till att förstå hur celler utför sina olika funktioner. Vi använder global proteomisk analys för att karakterisera celler och vävnader som är viktiga för absorption, distribution, metabolism och utsöndring (ADME) av läkemedelsmolekyler. Dessa studier fokuserar på tunntarmen och levern, två av de viktigaste organen som är involverade i ADME, för att bättre förstå hur människokroppen hanterar en administrerad läkemedelsprodukt. Vi analyserar också vanligtvis proteomerna i våra in vitro-cellmodeller för att möjliggöra en mer relevant tolkning av experimentella data.
Läkemedels transport och metaboliska processer kan enkelt studeras in vitro. Den erhållna clearance för läkemedel kan sedan skalas till in vivo-situationen med hjälp av information från proteomik i in vitro-cellsystemet och vävnaderna. Vi tillämpar denna teknik för att skala clearance av läkemedel i olika vävnader, t.ex. genom att använda Caco-2 för att skala till tarmen och hepatocyter för att skala hepatisk clearance i levern.
Kontakt
- Besöksadress: BMC, Husargatan 3, A1:2, A2:2, A3:3, B3:3, B3:4, C2:2
- Brev- och paketadress: Box 580, 751 23 Uppsala