Beräkningskemi för biologiska makromolekyler

10 hp

Kursplan, Avancerad nivå, 1KB431

Kod
1KB431
Utbildningsnivå
Avancerad nivå
Huvudområde(n) med fördjupning
Kemi A1F
Betygsskala
Med beröm godkänd, icke utan beröm godkänd, godkänd, underkänd
Fastställd av
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 30 oktober 2022
Ansvarig institution
Institutionen för kemi - BMC

Behörighetskrav

120 hp inklusive 60 hp kemi varav antingen (1) 10 hp biokemi samt Biofysikalisk kemi eller (2) 5 hp biokemi samt Kemisk bindning med beräkningskemi eller (3) Inom civilingenjörsprogrammet i kemiteknik, Biokemi I, Fysikalisk kemi och Kvantmekanik och kemisk bindning I, samt 5 hp på avancerad nivå. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • beskriva de nyckelprinciper som ligger till grund för de vanligaste aktuella teknikerna för simulering av makromolekyler
  • utföra simuleringar av makromolekyler, såsom klassisk molekyldynamik och Monte Carlo-simuleringar, samt analysera resultatet för att beskriva biomolekylär funktion
  • tillämpa förbättrade samplingsmetoder
  • tillämpa multi scale-modeller för att beskriva biokemisk reaktivitet i enzymer
  • kritiskt värdera och välja lämpligt beräkningsverktyg för att undersöka en given biokemisk frågeställning.

Innehåll

Beräkningsmetoder för att studera biomolekylära system. Grundläggande kvantkemi, statistisk termodynamik, molekyldynamik och Monte Carlo-simuleringar för makromolekylära system, avancerade samplingsmetoder. Statistisk analys, beräkningsenzymologi, beräkningsläkemedelsdesign.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier samt dataövningar.

Examination

Skriftlig tentamen (5 hp), övningar och seminarier (5 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin