Stukturell proteomik

Beskrivning

Medan G-protein kopplade receptorer (GPCRer) än idag tillhör det största segmentet av målmolekyler för läkemedelsutveckling (~35% av alla läkemedel på marknaden idag påverkar en GPCR), kvarstår experimentell verifiering av interaktionsytorna mellan en receptor och dess ligand för många GPCRer.

För att kunna svara på dessa frågeställningar arbetar vi med metodutveckling för masspektrometriska studier av förhållandet struktur–funktion hos interaktioner mellan ligander och receptorer. Vi nyttjar både kapillärelektrofores och vätskekromatografi för proteinanalys med masspektrometri. Våra metoder baserade på kapillärelektrofores kopplat till masspektrometri och väte–deuterium utbyte möjliggör karakterisering av både struktur och lokalisering av bindningssätet för en ligand till en receptor. Dessa studier bidrar med fundamental information om fysikalisk-kemiska egenskaper hos ligand–receptor interaktioner som i sin tur kommer vara till stor hjälp för design av framtida biologiska läkemedel.

Vi fokuserar även på metodutveckling där masspektrometri används för att mäta proteomets interaktioner med sig självt och andra molekyler, exempelvis metaboliter. Detta görs genom termisk proteomprofilering, vilket möjliggör identifiering av proteiner som agerar nedströms i en signaleringskaskad. Detta gör att kopplingar mellan biokemiska reaktionsvägar som tidigare varit okända kan kartläggas.