-Omik vid akut leukemi
Vi använder modern teknik för analys av DNA-, RNA- och proteinnivåer i bulk och enskilda celler från patienter med akut lymfatisk leukemi (ALL) och akut myeloisk leukemi (AML).
Projektbeskrivning
Målet med vår forskning är att identifiera genetiska, epigenetiska eller proteinsignaturer som kan användas som biomarkörer och ge ny kunskap om cellulära mekanismer bakom behandlingssvar, cancerspridning, toxicitet och resultat. Ett andra mål med vårt projekt är implementering av maskin- och djupinlärning för att avslöja dolda mönster i patient-omikdata i syfte att förbättra diagnos och subtypsklassificering på individnivå, vilket kan leda till nya alternativ för precisionsbehandling och förbättrad långsiktig överlevnad i framtiden.
I våra projekt analyserar vi prover från en unik samling benmärgs- och blodprover från barn med akut leukemi, som samlas in i Norden av Nordic Society for Paediatric Oncology (NOPHO). Projekten innebär ett nära samarbete med barnonkologer på Akademiska barnsjukhuset i Uppsala.
Utvalda publikationer
Krali O, Marincevic-Zuniga Y, Arvidsson G, Enblad AP, Lundmark A, Sayyab S, Zachariadis V, Heinäniemi M, Suhonen J, OksaL, Vepsäläinen K, Öfverholm I, Barbany G, Nordgren A, Lilljebjörn H, Fioretos T, Madsen HO, Marquart HV, Flaegstad T, Forestier E, Jónsson ÓG, Kanerva J, Lohi O, Norén-Nyström U, Schmiegelow K, Harila A, Heyman M, Lönnerholm G, Syvänen AC, Nordlund J. Multimodal classification of molecular subtypes in pediatric acute lymphoblastic leukemia. NPJ Precis Oncol. 2023 Dec 8;7(1):131. doi: 10.1038/s41698-023-00479-5. PubMed PMID: 38066241; PubMed Central PMCID: PMC10709574
Lysenkova Wiklander M, Övernäs E, Lagensjö J, Raine A, Petri A, Wiman AC, Ramsell J, Marincevic-Zuniga Y, Gezelius H, Martin T, Bunikis I, Ekberg S, Erlandsson R, Larsson P, Mosbech MB, Häggqvist S, Hellstedt Kerje S, Feuk L, Ameur A, Liljedahl U, Nordlund J. Genomic, transcriptomic and epigenomic sequencing data of the B-cell leukemia cell line REH. BMC Res Notes. 2023 Oct 10;16(1):265. doi: 10.1186/s13104-023-06537-2. PubMed PMID: 37817248; PubMed Central PMCID: PMC10566058.
Sayyab S, Lundmark A, Larsson M, Ringnér M, Nystedt S, Marincevic-Zuniga Y, Tamm KP, Abrahamsson J, Fogelstrand L, Heyman M, Norén-Nyström U, Lönnerholm G, Harila-Saari A, Berglund EC, Nordlund J, Syvänen AC. Mutational patterns and clonal evolution from diagnosis to relapse in pediatric acute lymphoblastic leukemia. Sci Rep. 2021 Aug 6;11(1):15988. doi: 10.1038/s41598-021-95109-0. PubMed PMID: 34362951; PubMed Central PMCID: PMC8346595.
Duran-Ferrer M, Clot G, Nadeu F, Beekman R, Baumann T, Nordlund J, Marincevic-Zuniga Y, Lönnerholm G, Rivas-Delgado A, Martín S, Ordoñez R, Castellano G, Kulis M, Queirós AC, Lee ST, Wiemels J, Royo R, Puiggrós M, Lu J, Giné E, Beà S, JaresP, Agirre X, Prosper F, López-Otín C, Puente XS, Oakes CC, Zenz T, Delgado J, López-Guillermo A, Campo E, Martín-Subero JI. The proliferative history shapes the DNA methylome of B-cell tumors and predicts clinical outcome. Nat Cancer. 2020 Nov;1(11):1066-1081. doi: 10.1038/s43018-020-00131-2. Epub 2020 Nov 2. PubMed PMID: 34079956; PubMed Central PMCID: PMC8168619.
Nordlund J, Syvänen AC. Epigenetics in pediatric acute lymphoblastic leukemia. Semin Cancer Biol. 2018 Aug;51:129-138. doi: 10.1016/j.semcancer.2017.09.001. Epub 2017 Sep 5. Review. PubMed PMID: 28887175.
Nordlund J, Bäcklin CL, Wahlberg P, Busche S, Berglund EC, Eloranta ML, Flaegstad T, Forestier E, Frost BM, Harila-Saari A, Heyman M, Jónsson OG, Larsson R, Palle J, Rönnblom L, Schmiegelow K, Sinnett D, Söderhäll S, Pastinen T, Gustafsson MG, Lönnerholm G, Syvänen AC. Genome-wide signatures of differential DNA methylation in pediatric acute lymphoblastic leukemia. Genome Biol. 2013 Sep 24;14(9):r105. doi: 10.1186/gb-2013-14-9-r105. PubMed PMID: 24063430; PubMed Central PMCID: PMC4014804.