Jan Andersson

Jag är universitetslektor i mikrobiell evolutionär genomik. Sedan tidigt 10-tal har jag varit mycket engagerad i undervisning och undervisningsfrågor i rollen som programansvarig på Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik.

Min forskning handlar om hur förändringar i genomet möjliggör evolutionära anpassningar till nya miljöer hos eukaryota mikroorganismer, en process där jag varit med och visat att horisontell genöverföring från bakterier spelar en viktig roll.

Jag är uppvuxen i Björklinge norr om Uppsala och påbörjade mina universitetsstudier vid Uppsala universitet 1990. De följande åren studerade jag Matematisk-naturvetenskaplig linje. Ett års militärtjänstgöring sex månaders ERASMUS-utbyte till Sussex University i Brighton hanns med innan jag började på doktorandstudier hösten 1995. Med Siv Andersson och Charles Kurland som handledare studerade jag hur intracellulära bakterier av släktet Rickettsia evolverade.

Under doktorandtiden kunde jag påvisa att arvsmassan innehöll gener som hade förlorat sin funktion, så kallade pseudogener. Det var ett fenomen som då var känt för eukaryoter. Men många i forskningsfältet var skeptiska till att det skulle finnas hos bakterier. Jag var också med och bidrog till genomsekvensen av Rickettsia prowazekii, som var det först kompletta genomet som publicerades av en svensk grupp, och det 18:e i världen.

Efter disputationen i december 1999 var jag postdoc med Wennergren-stipendium i tre år vid Dalhousie University i Halifax på östkusten i Kanada med Ford Doolittle och Andrew Roger som handledare. Jag studerade vilken roll horisontell genöverföring mellan prokaryoter och eukaryoter spelar i evolutionen av mikrobiella eukaryoter. Det blev tidigt klart för mig, och mina handledare, att det var en viktig process som inte då beaktades i tillräcklig hög grad av forskningsfältet.

När jag 2003 återkom till Uppsala som forskarassistent fortsatte jag studierna av genomevolution av protister, med ett särskilt fokus på vilken roll horisontell genöverföring har för den evolutionära anpassningen. Under 00-talet publicerade jag en rad artiklar som, tillsammans med studier från andra grupper, sakta byggde en acceptans i forskningsfältet för att horisontell genöverföring är en aspekt av genomevolution som inte kan ignoreras vid studier av eukaryotera mikroorganismer.

Sedan slutet av 00-talet har fokus skiftat mer mot evolution av diplomonader, en grupp av eukaryota mikroorganismer som återfinns i syrefattiga miljöer. Vi studerar Giardia lamblia som orsakar diarré hos människor, men också fiskparasiten Spironucleus salmonicida och de fritt levande Trepomonas och Hexamita inflata. Frågor som vi studerat inkluderar t.ex. huruvida olika isolat av Giardia är olika arter, hur försvaret mot syre och syreradikaler har evolverat hos diplomonader och deras släktingar och hur de sekundärt fritt levande diplomonader har kunnat anpassa sig till ett liv oberoende av en värdorganism.

Sedan 10-talet har jag ett stort engagemang i undervisning och programutveckling. Förutom att undervisa traditionella kurser i bioinformatik och molekylärbiologi har jag jobbat mycket med projektkurser. I dessa kurser har jag utvecklat strukturer för att involvera externa aktörer från industri och myndigheter som beställare av projekt.

Jag var programansvarig för civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik 2013-2021. Under den tiden genomförde jag, tillsammans med programrådet och berörda institutioner, en översyn och omstrukturering av hela programmet med syftet att stärka progressionen, måluppfyllelsen och matchningen med yrkeslivet. Arbetet resulterade i ett obligatoriskt basblock år 1-3 följt av tre olika profiler under år 4 och 5 där studenterna kan skapa sin egen specialisering. Tillsammans med IBG och programrådet införde jag ett etikspår som löper genom hela programmet. Jag är sedan 2022 biträdande programansvarig.

Det övergripande målet för vår forskning är att förstå vilka evolutionära processer som har påverkat, och fortfarande påverkar, arvsmassan och lett till förändringar av biologin hos eukaryota mikroorganismer. Vi fokuserar på diplomonader, en grupp som utmärker sig genom att ha arvmassan fördelad i två separata cellkärnor. Kunskap från vår forskning ger en djupare förståelse för uppkomsten och evolutionen av parasiter och vilka roller som eukaryota mikroorganismer har i miljön.

Sedan många år använder jag en grupp av organismer som heter diplomonader som modell. Med hjälp av sekvenseringsteknologi kartlägger vi arvsmassan för olika diplomonader. Med bioinformatiska metoder identifiera vi skillnader och likheter inom gruppen och mellan diplomonader och andra organismer. Sedan försöker vi koppla skillnaderna i arvsmassan med skillnader i biologin.

Gruppen diplomonader innehåller parasiter som t.ex. infekterar människor (Giardia lamblia) eller fiskar (Sprionucleus salmonicida), men även arter som inte ger upphov till sjukdom i värdorganismen och arter som lever fritt i miljön såsom Trepomonas och Hexamita inflata. Vi har visat att diplomonader har anpassat sig till att leva i syrefattiga miljöer genom att ta upp arvsmassa från andra organismer. Vi har också visat att vissa diplomonader har hydrogenosomer som är vätgasproducerande organeller och att de fritt levande diplomonaderna har utvecklats från organismer som var beroende av en värdorganism. Horisontell genöverföring från bakterierna som eukaryoten tagit upp som föda har bidragit till anpassningen till ett liv utanför värdorganismen.