Siv Andersson labb

Forskningen i Siv Andersson´s grupp syftar till att förstå hur intracellulära bakterier och organeller evolverar. Kunskap om värd-anpassade bakteriers arvsmassor är viktig för vår förståelse av samspelet mellan bakterier och högre organismer. Vilka genfunktioner krävs för liv inom och utanför redan existerande celler? Hur skall dessa gener organiseras och bäddas in i en värdcell för att bidra med funktioner som är nyttiga för värden? Ett långsiktigt mål är att ha en så djup kunskap om dessa processer att vi kan designa bakteriella arvsmassor med nya, nyttiga funktioner.
Populärvetenskaplig presentation
...
Forskning
Evolution av värdanpassade bakterier
Forskningen i Siv Andersson´s grupp syftar till att förstå hur intracellulära bakterier och organeller evolverar. Ett långsiktigt mål är att designa nya bakteriella arvsmassor med nyttiga funktioner med hjälp av syntetisk biologi. För att lyckas med detta behöver vi en grundläggande förståelse för samspelet mellan bakterier och deras värdorganismer, och vi behöver även förstå varför organeller och bakterier som bidrar med viktiga funktioner för sin värd har en egen arvsmassa. Nedan är några exempel på pågående projekt.
Varför behöver vissa organismer bakterier?
Det finns många bakterier som producerar viktiga näringsämnen för högre organismer som dessa inte kan få från sin mat. Andra bakterier producerar antibiotika för att försvara sin värd från patogener och andra invaderande mikroorganismer. De ämnen som produceras och skickas ut är till nytta för hela den bakteriella populationen och/eller för värden, men det kostar mycket för den enskilda cellen att producera dem. Det är därför en risk att smitare uppstår som inte själva bidrar till produktionen. I detta projekt använder vi bakterier som är anpassade till däggdjur och insekter som modell-system för att studera hur produktionen av ämnen som är till nytta för hela samhället organiseras och hur risken för smitare minimeras.
Varför behöver vissa celler inre ”fack”?
Eukaryota celler innehåller flera membranbundna ”fack” som till exempel mitokondrierna. Bakterieceller har normalt inte inre membranstrukturer. Men det finns undantag. För att förstå varför och hur komplexa cellulära strukturer uppstår studerar vi en ovanlig grupp av bakterieceller som innehåller ett nätverk av inre membran. I detta projekt använder vi jämförande, funktionell och ekologisk genomik för att lära oss mer om hur och varför cellulära strukturer uppstår.
Varför innehåller vissa inre ”fack” egna arvsmassor?
Vi har nyligen publicerat resultat som stöder hypotesen att mitokondrier behöver en egen arvsmassa för att undvika att de mitokondriella proteinerna felaktigt transporteras till endoplasmatiskt reticulum. För att transportera proteiner mellan olika fack i cellen och vara säker på att de hamnar rätt krävs en mängd olika signaler. I detta projekt använder vi bioinformatiska och experimentella metoder för att få en djupare förståelse om varför mitokondrier innehåller sin egen arvsmassa.
Vårt arbete stöds av Vetenskapsrådet (VR) och Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW). Dessutom deltar vi i flera samarbetsprojekt: Uppsala Center for Evolutionary Genomics (supported by VR), the Human Microbiome in Health and Disease (supported by KAW) and Inland Water Ecosystems in the Global Carbon Cycle – Towards a Mechanistic Understanding (supported by KAW).
Gruppmedlemmar
Publikationer
Folded Alpha Helical Putative New Proteins from Apilactobacillus kunkeei
Ingår i Journal of Molecular Biology, 2024
- DOI för Folded Alpha Helical Putative New Proteins from Apilactobacillus kunkeei
- Ladda ner fulltext (pdf) av Folded Alpha Helical Putative New Proteins from Apilactobacillus kunkeei
Ingår i Genome Biology and Evolution, 2024
- DOI för Phylogeny and Expansion of Serine/Threonine Kinases in Phagocytotic Bacteria in the Phylum Planctomycetota
- Ladda ner fulltext (pdf) av Phylogeny and Expansion of Serine/Threonine Kinases in Phagocytotic Bacteria in the Phylum Planctomycetota
TADA: Taxonomy-Aware Dataset Aggregator
Ingår i Bioinformatics, 2023
- DOI för TADA: Taxonomy-Aware Dataset Aggregator
- Ladda ner fulltext (pdf) av TADA: Taxonomy-Aware Dataset Aggregator
Genome Evolution of a Symbiont Population for Pathogen Defense in Honeybees
Ingår i Genome Biology and Evolution, 2022
- DOI för Genome Evolution of a Symbiont Population for Pathogen Defense in Honeybees
- Ladda ner fulltext (pdf) av Genome Evolution of a Symbiont Population for Pathogen Defense in Honeybees
Antibiotics should not be used for back/leg pain
Ingår i Acta Orthopaedica, s. 244-246, 2021
- DOI för Antibiotics should not be used for back/leg pain
- Ladda ner fulltext (pdf) av Antibiotics should not be used for back/leg pain
Ingår i The spine journal, s. 1233-1235, 2021
Ingår i Frontiers in Microbiology, 2021
- DOI för The Subcellular Proteome of a Planctomycetes Bacterium Shows That Newly Evolved Proteins Have Distinct Fractionation Patterns
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Subcellular Proteome of a Planctomycetes Bacterium Shows That Newly Evolved Proteins Have Distinct Fractionation Patterns
Evolutionary Remodeling of the Cell Envelope in Bacteria of the Planctomycetes Phylum
Ingår i Genome Biology and Evolution, s. 1528-1548, 2020
- DOI för Evolutionary Remodeling of the Cell Envelope in Bacteria of the Planctomycetes Phylum
- Ladda ner fulltext (pdf) av Evolutionary Remodeling of the Cell Envelope in Bacteria of the Planctomycetes Phylum
Paralogization and New Protein Architectures in Planctomycetes Bacteria with Complex Cell Structures
Ingår i Molecular biology and evolution, s. 1020-1040, 2020
Rethinking microbial symbioses
Ingår i FEMS Microbiology Letters, 2020
Bacteria: back pain, leg pain and Modic sign-a surgical multicentre comparative study
Ingår i European spine journal, s. 2981-2989, 2019
- DOI för Bacteria: back pain, leg pain and Modic sign-a surgical multicentre comparative study
- Ladda ner fulltext (pdf) av Bacteria: back pain, leg pain and Modic sign-a surgical multicentre comparative study
Contrasting patterns of genome-level diversity across distinct co-occurring bacterial populations
Ingår i The ISME Journal, s. 742-755, 2018
- DOI för Contrasting patterns of genome-level diversity across distinct co-occurring bacterial populations
- Ladda ner fulltext (pdf) av Contrasting patterns of genome-level diversity across distinct co-occurring bacterial populations
Genome Evolution of Bartonellaceae Symbionts of Ants at the Opposite Ends of the Trophic Scale
Ingår i Genome Biology and Evolution, s. 1687-1704, 2018
- DOI för Genome Evolution of Bartonellaceae Symbionts of Ants at the Opposite Ends of the Trophic Scale
- Ladda ner fulltext (pdf) av Genome Evolution of Bartonellaceae Symbionts of Ants at the Opposite Ends of the Trophic Scale
Origin and evolution of the Bartonella Gene Transfer Agent
Ingår i Molecular biology and evolution, s. 451-464, 2018
- DOI för Origin and evolution of the Bartonella Gene Transfer Agent
- Ladda ner fulltext (pdf) av Origin and evolution of the Bartonella Gene Transfer Agent
Specificity in Arabidopsis thaliana recruitment of root fungal communities from soil and rhizosphere
Ingår i Fungal Biology, s. 231-240, 2018
Ingår i Genome Biology and Evolution, s. 2560-2579, 2017
- DOI för Switches in Genomic GC Content Drive Shifts of Optimal Codons under Sustained Selection on Synonymous Sites
- Ladda ner fulltext (pdf) av Switches in Genomic GC Content Drive Shifts of Optimal Codons under Sustained Selection on Synonymous Sites
Ingår i International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, s. 4923-4929, 2017
- DOI för Tuwongella immobilis gen. nov., sp nov., a novel non-motile bacterium within the phylum Planctomycetes
- Ladda ner fulltext (pdf) av Tuwongella immobilis gen. nov., sp nov., a novel non-motile bacterium within the phylum Planctomycetes
Why mitochondria need a genome revisited
Ingår i FEBS Letters, s. 65-75, 2017
Stress management strategies in single bacterial cells
Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, s. 3921-3923, 2016
Ingår i Scientific Reports, s. 1-11, 2016
- DOI för The genome of Rhizobiales bacteria in predatory ants reveals urease gene functions but no genes for nitrogen fixation
- Ladda ner fulltext (pdf) av The genome of Rhizobiales bacteria in predatory ants reveals urease gene functions but no genes for nitrogen fixation
Tuning fresh: radiation through rewiring of central metabolism in streamlined bacteria
Ingår i The ISME Journal, s. 1902-1914, 2016
Extensive intra-phylotype diversity in lactobacilli and bifidobacteria from the honeybee gut
Ingår i BMC Genomics, 2015
- DOI för Extensive intra-phylotype diversity in lactobacilli and bifidobacteria from the honeybee gut
- Ladda ner fulltext (pdf) av Extensive intra-phylotype diversity in lactobacilli and bifidobacteria from the honeybee gut
Ingår i Genome Biology and Evolution, s. 1455-1473, 2015
- DOI för Functionally Structured Genomes in Lactobacillus kunkeei Colonizing the Honey Crop and Food Products of Honeybees and Stingless Bees
- Ladda ner fulltext (pdf) av Functionally Structured Genomes in Lactobacillus kunkeei Colonizing the Honey Crop and Food Products of Honeybees and Stingless Bees
Mitochondrial genomes are retained by selective constraints on protein targeting
Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, s. 10154-10161, 2015
Ingår i The ISME Journal, s. 2373-2385, 2015
Extensive duplication of the Wolbachia DNA in chromosome four of Drosophila ananassae
Ingår i BMC Genomics, s. 1097, 2014
- DOI för Extensive duplication of the Wolbachia DNA in chromosome four of Drosophila ananassae
- Ladda ner fulltext (pdf) av Extensive duplication of the Wolbachia DNA in chromosome four of Drosophila ananassae
Ingår i Genome Biology and Evolution, s. 2240-2257, 2014
- DOI för Missing Genes, Multiple ORFs, and C-to-U Type RNA Editing in Acrasis kona (Heterolobosea, Excavata) Mitochondrial DNA
- Ladda ner fulltext (pdf) av Missing Genes, Multiple ORFs, and C-to-U Type RNA Editing in Acrasis kona (Heterolobosea, Excavata) Mitochondrial DNA
Ingår i Environmental Microbiology, s. 2682-2698, 2014
- DOI för Productivity and salinity structuring of the microplankton revealed by comparative freshwater metagenomics
- Ladda ner fulltext (pdf) av Productivity and salinity structuring of the microplankton revealed by comparative freshwater metagenomics
Single cell genomics of deep ocean bacteria
Ingår i Trends in Microbiology, s. 233-234, 2014
Ingår i PLOS Genetics, 2013
- DOI för A Gene Transfer Agent and a Dynamic Repertoire of Secretion Systems Hold the Keys to the Explosive Radiation of the Emerging Pathogen Bartonella
- Ladda ner fulltext (pdf) av A Gene Transfer Agent and a Dynamic Repertoire of Secretion Systems Hold the Keys to the Explosive Radiation of the Emerging Pathogen Bartonella
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för Adaptive Mutations and Replacements of Virulence Traits in the Escherichia coli O104:H4 Outbreak Population
- Ladda ner fulltext (pdf) av Adaptive Mutations and Replacements of Virulence Traits in the Escherichia coli O104:H4 Outbreak Population
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för Comparative and Phylogenomic Evidence that the Alphaproteobacterium HIMB59 is not a Member of the Oceanic SAR11 Clade
- Ladda ner fulltext (pdf) av Comparative and Phylogenomic Evidence that the Alphaproteobacterium HIMB59 is not a Member of the Oceanic SAR11 Clade
Comparative Genomics of Wolbachia and the Bacterial Species Concept
Ingår i PLOS Genetics, 2013
- DOI för Comparative Genomics of Wolbachia and the Bacterial Species Concept
- Ladda ner fulltext (pdf) av Comparative Genomics of Wolbachia and the Bacterial Species Concept
No Ancient DNA Damage in Actinobacteria from the Neanderthal Bone
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för No Ancient DNA Damage in Actinobacteria from the Neanderthal Bone
- Ladda ner fulltext (pdf) av No Ancient DNA Damage in Actinobacteria from the Neanderthal Bone
Single cell genomics reveals low recombination frequencies in freshwater bacteria of the SAR11 clade
Ingår i Genome Biology, 2013
- DOI för Single cell genomics reveals low recombination frequencies in freshwater bacteria of the SAR11 clade
- Ladda ner fulltext (pdf) av Single cell genomics reveals low recombination frequencies in freshwater bacteria of the SAR11 clade
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för Testing the Reproducibility of Multiple Displacement Amplification on Genomes of Clonal Endosymbiont Populations
- Ladda ner fulltext (pdf) av Testing the Reproducibility of Multiple Displacement Amplification on Genomes of Clonal Endosymbiont Populations
The Diversity and Evolution of Wolbachia Ankyrin Repeat Domain Genes
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för The Diversity and Evolution of Wolbachia Ankyrin Repeat Domain Genes
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Diversity and Evolution of Wolbachia Ankyrin Repeat Domain Genes
A genome-wide study of recombination rate variation in Bartonella henselae
Ingår i BMC Evolutionary Biology, s. 65, 2012
- DOI för A genome-wide study of recombination rate variation in Bartonella henselae
- Ladda ner fulltext (pdf) av A genome-wide study of recombination rate variation in Bartonella henselae
Bacterial genomes: Next generation sequencing technologies for studies of bacterial ecosystems
Ingår i Current Opinion in Microbiology, s. 603-604, 2012
Genomic diversity of the 2011 European outbreaks of Escherichia coli O104:H4
Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012
Ingår i PLOS Genetics, 2012
- DOI för Large-Scale Introgression Shapes the Evolution of the Mating-Type Chromosomes of the Filamentous Ascomycete Neurospora tetrasperma
- Ladda ner fulltext (pdf) av Large-Scale Introgression Shapes the Evolution of the Mating-Type Chromosomes of the Filamentous Ascomycete Neurospora tetrasperma
Ingår i PLOS ONE, 2011
Independent Genome Reduction and Phylogenetic Reclassification of the Oceanic SAR11 Clade
Ingår i Molecular biology and evolution, s. 599-615, 2011
Genome dynamics of Bartonella grahamii in micro-populations of woodland rodents
Ingår i BMC Genomics, s. 152, 2010
genoPlotR: comparative gene and genome visualization in R
Ingår i Bioinformatics, s. 2334-2335, 2010
- DOI för genoPlotR: comparative gene and genome visualization in R
- Ladda ner fulltext (pdf) av genoPlotR: comparative gene and genome visualization in R
Ingår i Molecular Ecology, s. 2241-2255, 2010
Ingår i Journal of Bacteriology, s. 3352-3367, 2010
Computational Resources in Infectious Disease: Limitations and Challenges
Ingår i PloS Computational Biology, 2009
Ingår i PLoS genetics, 2009
The alpha-proteobacteria: the Darwin finches of the bacterial world
Ingår i Biology Letters, s. 429-432, 2009
People
Programledare
Doktorander
Postdoktorer
Forskare
Forskningsingenjör