Helgenomstudie av tarmens mikrobiom
Effekten av människans genetiska variation på mikrobiomets sammansättning är underutforskad på grund av bristen på välgjorda studier med högkvalitativa data. Vi avsåg därför att utföra en helgenomstudie av tarmmikrobiomet hos 16 040 svenska deltagare med hjälp av högupplösta mikrobiomdata.
Grundinformation
- Finansiär: EU – Horizon Europe – ERC, Hjärt-Lungfonden
Projektbeskrivning
Det mänskliga tarmmikrobiomet, ett komplext ekosystem av mikroorganismer, har associerats med olika hälsotillstånd, inklusive kardiometaboliska, gastrointestinala och neurologiska sjukdomar. Framsteg inom sekvenseringsteknik har möjliggjort en detaljerad studie av mikrobiomet och avslöjat dess variabilitet mellan individer. Effekterna av kost, livsstil och medicinering på mikrobiomet är väl studerade, men värdgenetikens inverkan är underutforskad på grund av att det finns få storskaliga studier med högupplösta mikrobiomdata.
Endast ett fåtal genomomfattande associationsstudier (GWAS) har undersökt de genetiska faktorer som påverkar mikrobiomet, och de största studierna har identifierat varianter i loci för LCT (laktas) och ABO (blodgrupp). I en finsk studie fann man också ett samband med MED13L-locus, men detta resultat har inte upprepats. Tekniska skillnader i provinsamling och analys i olika studier försvårar jämförelser och bidrar till att resultaten varierar.
Vi genomför en GWAS av tarmmikrobiomet med hjälp av högupplösta metagenomiska sekvenseringsdata från 16 040 deltagare från fyra svenska kohorter (SCAPIS, MOS, SIMPLER-U och SIMPLER-V), med hjälp av en harmoniserad datapipeline, och replikerar resultaten i HUNT-kohorten med 12 652 deltagare. Detta harmoniserade tillvägagångssätt syftar till att avslöja robusta genetiska associationer med tarmmikrobiomet.