Kan vi förutsäga tarmens mikrobiom från blodprover?

Projektbeskrivning

Tarmens mikrobiom, som består av biljoner mikroorganismer, spelar en viktig roll för vår hälsa och har kopplats till allt från hjärt-kärlsjukdomar till mag-tarmsjukdomar. Men många stora studier har historiskt inte samlat in avföringsprover – något som behövs för att mäta mikrobiomet. Vi vill lösa detta genom att använda blodprover istället.

I vårt projekt undersöker vi om man kan förutsäga tarmmikrobiomet genom att analysera små molekyler, så kallade metaboliter, i blodplasman. Vi använder data från över 8 600 deltagare i SCAPIS-studien (från Uppsala och Malmö) där både tarmmikrobiomet och plasmaprover har analyserats.

För att göra dessa förutsägelser testar vi två modeller: en avancerad metod som bygger på maskininlärning och beslutsstödsträd, samt en enklare linjär modell. Modellerna utvärderas noggrant för att se hur bra de kan förutsäga både förekomsten av specifika bakterier och egenskaper som hur varierat mikrobiomet är.

Vårt mål är att möjliggöra forskning om mikrobiomet även i studier där avföringsprover saknas. Genom att öka kunskapen om mikrobiomets roll i olika sjukdomar kan vi i förlängningen bidra till bättre förståelse för hälsa och sjukdom.