Carl Nettelblad
Teknisk koordinator vid Institutionen för informationsteknologi; UPPMAX, Uppsala Multidisciplinary Centre for Advanced Computational Science
- Mobiltelefon:
- 070-359 12 42
- E-post:
- carl.nettelblad@uppmax.uu.se
- Besöksadress:
- Hus 10, Regementsvägen 10
- Postadress:
- Box 337
751 05 Uppsala
Universitetslektor vid Institutionen för informationsteknologi; Beräkningsvetenskap
- Telefon:
- 018-471 22 68
- Mobiltelefon:
- 070-359 12 42
- E-post:
- carl.nettelblad@it.uu.se
- Besöksadress:
- Hus 10, Regementsvägen 10
- Postadress:
- Box 337
751 05 UPPSALA
- Akademiska meriter:
- Docent
- ORCID:
- 0000-0003-0458-6902
Kort presentation
Forskar inom beräkningsvetenskap, inriktat på att använda moderna datorarkitekturer (GPU, massiv parallellism) inom olika typer av dataanalys i livsvetenskaperna. En grundfrågeställning är "hur kan vi ha bättre beräkningsmetoder för att ge säkrare analyser från sämre data".
Nyckelord
- xfel
- hpc
- genomics
- hidden markov models
- artificial intelligence
- machine learning
- optimization
Biografi
Enorma framsteg har skett i metoder för massiv datainsamling inom biologi. Teknikutvecklingen har möjliggjort större och större datamängder, som snabbt passerat så stora att det inte finns någon som helst möjlighet för en enskild forskare att kontrollera om resultat är rimliga. Därför blir det viktigare att analysmetoder automatiskt kan identifiera och hantera fel.
Utgångspunkten för min forskning är att data alltid kommer att innehålla fel, ofullständigheter och brus. Med den utgångspunkten kan man analysera "dåliga" prover, eller ta med en större del av materialet. Det mer vedertagna sättet i dag är att filtrera ut de delar som håller högst kvalitet och i stället fokusera analysen på dem, eller att använda metoder utformade för säkra prover och bara hoppas att de ger rätt resultat även när delar av labbresultatet är mer osäkert.
I dagsläget fokuserar jag på samarbeten inom enkelpartikelavbildning med röntgenlaser, respektive modellering av haplotypstruktur och fasning av genomikdata vid låg täckning/hög felfrekvens. Jag är ändå hela tiden nyfiken på nya tillämpningar där statistisk modellering och massiva beräkningar kan vara relevant.
Som kuriosa kan nämnas att jag längre tillbaka har deltagit och vunnit medaljer i olika internationella vetenskapstävlingar, som IMO (matematik), IOI (programmering), IBO (biologi) och ACM ICPC (programmering).
Är du som student intresserad av ett projekt med inriktning mot dataanalys och högprestandaberäkningar på kandidatnivå, masternivå eller som doktorand/postdoc? Hör av dig. Projekt kan anpassas till dina förkunskaper. I dagsläget är vi väldigt intresserade av att mer explorativt utveckla testa andra arkitekturer för neurala nätverk för genomikdata (transfomers, diffusionsmodeller för att ta två exempel).

Publikationer
Urval av publikationer
Achieving improved accuracy for imputation of ancient DNA
Ingår i Bioinformatics, 2023
- DOI för Achieving improved accuracy for imputation of ancient DNA
- Ladda ner fulltext (pdf) av Achieving improved accuracy for imputation of ancient DNA
A deep learning framework for characterization of genotype data
Ingår i G3, 2022
- DOI för A deep learning framework for characterization of genotype data
- Ladda ner fulltext (pdf) av A deep learning framework for characterization of genotype data
A joint use of pooling and imputation for genotyping SNPs
Ingår i BMC Bioinformatics, 2022
- DOI för A joint use of pooling and imputation for genotyping SNPs
- Ladda ner fulltext (pdf) av A joint use of pooling and imputation for genotyping SNPs
Ingår i Scientific Data, 2016
Hummingbird: monitoring and analyzing flash X-ray imaging experiments in real time
Ingår i Journal of applied crystallography, s. 1042-1047, 2016
Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser
Ingår i Physical Review Letters, 2015
- DOI för Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser
- Ladda ner fulltext (pdf) av Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser
Ingår i Crop science, s. 1934-1946, 2015
Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
- Ladda ner fulltext (pdf) av Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
Fast and accurate detection of multiple quantitative trait loci
Ingår i Journal of Computational Biology, s. 687-702, 2013
2012
Ingår i Bioinformatics and Computational Biology, s. 307-319, 2009
Senaste publikationer
Ingår i G3, 2025
- DOI för Using feedback in pooled experiments augmented with imputation for high genotyping accuracy at reduced cost
- Ladda ner fulltext (pdf) av Using feedback in pooled experiments augmented with imputation for high genotyping accuracy at reduced cost
Observation of a single protein by ultrafast X-ray diffraction
Ingår i Light, 2024
- DOI för Observation of a single protein by ultrafast X-ray diffraction
- Ladda ner fulltext (pdf) av Observation of a single protein by ultrafast X-ray diffraction
Project Hephaistos – II. Dyson sphere candidates from Gaia DR3, 2MASS, and WISE
Ingår i Monthly notices of the Royal Astronomical Society, s. 695-707, 2024
- DOI för Project Hephaistos – II. Dyson sphere candidates from Gaia DR3, 2MASS, and WISE
- Ladda ner fulltext (pdf) av Project Hephaistos – II. Dyson sphere candidates from Gaia DR3, 2MASS, and WISE
Genotyping of SNPs in bread wheat at reduced cost from pooled experiments and imputation
Ingår i Theoretical and Applied Genetics, 2024
- DOI för Genotyping of SNPs in bread wheat at reduced cost from pooled experiments and imputation
- Ladda ner fulltext (pdf) av Genotyping of SNPs in bread wheat at reduced cost from pooled experiments and imputation
Data-Driven Locality-Aware Batch Scheduling
Ingår i 2024 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), s. 202-211, 2024
Alla publikationer
Artiklar i tidskrift
Ingår i G3, 2025
- DOI för Using feedback in pooled experiments augmented with imputation for high genotyping accuracy at reduced cost
- Ladda ner fulltext (pdf) av Using feedback in pooled experiments augmented with imputation for high genotyping accuracy at reduced cost
Observation of a single protein by ultrafast X-ray diffraction
Ingår i Light, 2024
- DOI för Observation of a single protein by ultrafast X-ray diffraction
- Ladda ner fulltext (pdf) av Observation of a single protein by ultrafast X-ray diffraction
Project Hephaistos – II. Dyson sphere candidates from Gaia DR3, 2MASS, and WISE
Ingår i Monthly notices of the Royal Astronomical Society, s. 695-707, 2024
- DOI för Project Hephaistos – II. Dyson sphere candidates from Gaia DR3, 2MASS, and WISE
- Ladda ner fulltext (pdf) av Project Hephaistos – II. Dyson sphere candidates from Gaia DR3, 2MASS, and WISE
Genotyping of SNPs in bread wheat at reduced cost from pooled experiments and imputation
Ingår i Theoretical and Applied Genetics, 2024
- DOI för Genotyping of SNPs in bread wheat at reduced cost from pooled experiments and imputation
- Ladda ner fulltext (pdf) av Genotyping of SNPs in bread wheat at reduced cost from pooled experiments and imputation
Achieving improved accuracy for imputation of ancient DNA
Ingår i Bioinformatics, 2023
- DOI för Achieving improved accuracy for imputation of ancient DNA
- Ladda ner fulltext (pdf) av Achieving improved accuracy for imputation of ancient DNA
A deep learning framework for characterization of genotype data
Ingår i G3, 2022
- DOI för A deep learning framework for characterization of genotype data
- Ladda ner fulltext (pdf) av A deep learning framework for characterization of genotype data
An empirical evaluation of genotype imputation of ancient DNA
Ingår i G3, 2022
- DOI för An empirical evaluation of genotype imputation of ancient DNA
- Ladda ner fulltext (pdf) av An empirical evaluation of genotype imputation of ancient DNA
A joint use of pooling and imputation for genotyping SNPs
Ingår i BMC Bioinformatics, 2022
- DOI för A joint use of pooling and imputation for genotyping SNPs
- Ladda ner fulltext (pdf) av A joint use of pooling and imputation for genotyping SNPs
Ptychographic wavefront characterization for single-particle imaging at x-ray lasers
Ingår i Optica, s. 551-562, 2021
- DOI för Ptychographic wavefront characterization for single-particle imaging at x-ray lasers
- Ladda ner fulltext (pdf) av Ptychographic wavefront characterization for single-particle imaging at x-ray lasers
Ingår i Journal of Chemical Physics, 2021
- DOI för Training algorithm matters for the performance of neural network potential: A case study of Adam and the Kalman filter optimizers
- Ladda ner fulltext (pdf) av Training algorithm matters for the performance of neural network potential: A case study of Adam and the Kalman filter optimizers
Flash X-ray diffraction imaging in 3D: a proposed analysis pipeline
Ingår i Journal of the Optical Society of America A, s. 1673-1686, 2020
Ingår i Scientific Data, 2020
- DOI för Diffraction data from aerosolized Coliphage PR772 virus particles imaged with the Linac Coherent Light Source
- Ladda ner fulltext (pdf) av Diffraction data from aerosolized Coliphage PR772 virus particles imaged with the Linac Coherent Light Source
Electrospray sample injection for single-particle imaging with x-ray lasers
Ingår i Science Advances, 2019
Ingår i PLOS Genetics, 2019
A statistical approach to detect protein complexes at X-ray free electron laser facilities
Ingår i Communications Physics, 2018
Ingår i Optics Express, s. 24422-24443, 2018
Ingår i IUCrJ, s. 531-541, 2018
Assessing uncertainties in x-ray single-particle three-dimensional reconstruction
Ingår i Physical Review E. Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2018
Femtosecond X-ray Fourier holography imaging of free-flying nanoparticles
Ingår i Nature Photonics, s. 150-153, 2018
BAMSI: a multi-cloud service for scalable distributed filtering of massive genome data
Ingår i BMC Bioinformatics, 2018
Experimental strategies for imaging bioparticles with femtosecond hard X-ray pulses
Ingår i IUCrJ, s. 251-262, 2017
Correlations in scattered X-ray laser pulses reveal nanoscale structural features of viruses
Ingår i Physical Review Letters, 2017
Artifact reduction in the CSPAD detectors used for LCLS experiments
Ingår i Journal of Synchrotron Radiation, s. 1092-1097, 2017
Coherent soft X-ray diffraction imaging of Coliphage PR772 at the Linac coherent light source
Ingår i Scientific Data, 2017
Ingår i IEEE/ACM Transactions on Computational Biology & Bioinformatics, s. 381-392, 2017
A hybrid method for the imputation of genomic data in livestock populations
Ingår i Genetics Selection Evolution, 2017
Ingår i Scientific Data, 2016
Hummingbird: monitoring and analyzing flash X-ray imaging experiments in real time
Ingår i Journal of applied crystallography, s. 1042-1047, 2016
QTL as a service: PruneDIRECT for multi-dimensional QTL scans in cloud settings
Ingår i Bioinformatics, 2016
Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser
Ingår i Physical Review Letters, 2015
- DOI för Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser
- Ladda ner fulltext (pdf) av Three-dimensional reconstruction of the giant mimivirus particle with an X-ray free-electron laser
Ingår i Crop science, s. 1934-1946, 2015
Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
- Ladda ner fulltext (pdf) av Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
MAPfastR: Quantitative trait loci mapping in outbred line crosses
Ingår i G3, s. 2147-2149, 2013
Fast and accurate detection of multiple quantitative trait loci
Ingår i Journal of Computational Biology, s. 687-702, 2013
Ingår i BMC Genetics, 2012
- DOI för Inferring haplotypes and parental genotypes in larger full sib-ships and other pedigrees with missing or erroneous genotype data
- Ladda ner fulltext (pdf) av Inferring haplotypes and parental genotypes in larger full sib-ships and other pedigrees with missing or erroneous genotype data
Coherent estimates of genetic effects with missing information
Ingår i Open Journal of Genetics, s. 31-38, 2012
Ingår i G3, s. 57-64, 2011
Doktorsavhandlingar, sammanläggning
Konferensbidrag
Data-Driven Locality-Aware Batch Scheduling
Ingår i 2024 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), s. 202-211, 2024
Bootstrapping Weakly Supervised Segmentation-free Word Spotting through HMM-based Alignment
Ingår i 2020 17th International Conference on Frontiers in Handwriting Recognition (ICFHR), s. 49-54, 2020
Ingår i Advances in Visual Computing, s. 278-287, 2016
- DOI för Feature evaluation for handwritten character recognition with regressive and generative Hidden Markov Models
- Ladda ner fulltext (pdf) av Feature evaluation for handwritten character recognition with regressive and generative Hidden Markov Models
Haplotype inference based on hidden Markov models in the QTL–MAS 2010 multigenerational dataset
Ingår i Proc. 14th European Workshop on QTL Mapping and Marker Assisted Selection, 2011
A Grid-Enabled Problem Solving Environment for QTL Analysis in R
Ingår i Proc. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, s. 202-209, 2010
Ingår i Bioinformatics and Computational Biology, s. 307-319, 2009
Licentiatavhandlingar, sammanläggning
Rapporter
2022
Breakdown of methods for phasing and imputation in the presence of double genotype sharing
2012
2012
2010
2010