Behörighetskrav

Bioinformatiska analyser I

Mål

Kursen fokuserar på analyser av transkriptom och proteom. Efter kursen skall studenten kunna

- skissera och tillämpa processen för analys av mikromatrisdata samt förklara de olika delmomenten

- kritiskt utvärdera olika experimentella och predikterade strukturmodeller och välja den lämpligaste

- analysera veckningen hos ett okänt protein och identifiera dess strukturfamilj

- förklara berörda tekniker för förutsägelse av struktur och funktion

- välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem

- kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på analyser av transkriptom och proteom, och innehåller följande moment och aspekter:

Mikromatrisanalyser; expressionsmönster och genomlikheter, normalisering, klustring.

Makromolekylära strukturer (protein och RNA); tredimensionell struktur, strukturdatabaser (t.ex. PDB), validering, sökning, jämförelser och klassificering av proteiner i strukturfamiljer. Prediktion av funktion från sekvens och struktur; strukturprediktion, program för modellbygge, datormodellering av tredimensionell struktur baserad på sekvensdata, sekvensanalys för modellering av sekundär och tertiär struktur. Strukturbaserad utveckling av läkemedel.

Proteomik; masspektrometriska analyser.

Metaboliska och regulatoriska nätverk. Systembiologi.

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning, föreläsningar, datorövningar och projektuppgift.

Examination

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar motsvarande 2 hp och projektuppgift motsvarande 1 hp har redovisats skriftligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov motsvarande 2 hp.