Behörighetskrav

120 hp, inklusive alt. 1) 40 p/60 hp biologi samt 20 p/30 hp kemi eller 20 p/30 hp geovetenskap. alt. 2) 60 p/90 hp biologi.

Mål

Kursen fokuserar på jämförande sekvensanalyser och publika databaser. Efter kursen skall studenten kunna

• identifiera och välja lämpliga publika databaser för att lösa ett givet biologiskt problem
• förklara principerna för kostnadsbaserade sekvensinpassningar
• skissera processen att gå från sekvens(rå)data till ett annoterat genom och förklara de olika teknikerna som används
• välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
• implementera enklare algoritmer för datahantering i Perl
• kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat
• Innehåll

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på sekvensdata (DNA/RNA och protein) och innehåller följande moment och aspekter:

Publika bioinformatiska databaser, deras utformning och sökverktyg. Sammanläggning av sekvensfragment. Identifiering av kodande sekvenser. Parvis och multipel sekvensinpassning, heuristiska metoder för sekvensinpassning. Annotering av genom.

Bioinformatisk programvara och Linuxmiljö. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av Perl.

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning, föreläsningar, datorövningar och projektuppgift.

Examination

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar motsvarande 2 hp och projektuppgift motsvarande 1 hp har redovisats skriftligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov motsvarande 2 hp.