Behörighetskrav

120 hp inklusive Bioinformatisk metodik, Sannolikhet och statistik, Programmeringsteknik II och Databasteknik I.

Mål

Kursen skall ge kunskap om centrala begrepp inom bioinformatik, beräkningsbiologi och systembiologi, träning i abstraktion och modelleringsfärdigheter för att skapa och tolka beräkningsstrukturer samt förmåga att kunna använda ett datorbaserat explorativt tänkande och experimenterande inom livsvetenskaperna.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna

• använda datastrukturer och algoritmer för att självständigt utforma dataprogram som modellerar beräkningsbaserade problem inom livsvetenskaperna, relaterade till sekvens, struktur och funktion hos biologiska enheter
• tillämpa kunskaper inom diskret matematik för att kunna modellera levande system
• tillämpa tekniker för att hantera komplexiteten av problem och komplexiteten av algoritmer
• modellera grundläggande koncept i livsvetenskaperna såsom omorganisering av genom och annotering av en gen och dess produkter.

Innehåll

Introduktion till Scheme. Abstraktions- och modelleringsprinciper: rekursiva procedurabstraktioner och de processer de skapar; dataabstraktioner såsom sekvens och träd; muterbara datastrukturer, sökalgoritmer och giriga algoritmer, dynamisk programmering, dolda Markov-modeller. Sammansatta metoder tillämpade på utvalda biologiska problem: DNA-kartläggning och sekvensering, prediktion av gener , lokal och global sekvenslinjering samt omorganisation av genom.

Undervisning

Föreläsningar, datorövningar samt individuell handledning.

Examination

Skriftligt prov vid kursens slut (7 hp). Inlämningsuppgifter och datorövningar (3 hp).