Genomanalys

10 hp

Kursplan, Avancerad nivå, 1MB462

Det finns en senare version av kursplanen.
Kod
1MB462
Utbildningsnivå
Avancerad nivå
Huvudområde(n) med fördjupning
Bioinformatik A1F, Teknik A1F
Betygsskala
Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
Fastställd av
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 7 mars 2017
Ansvarig institution
Institutionen för biologisk grundutbildning

Behörighetskrav

120 hp. Molekylär evolution, Skriptprogrammering

 

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

  • sätta samman råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
  • analysera genomsekvensdata med avseende på t.ex. genuttryck, genomfunktion, genomevolution och variation inom populationer
  • välja samt tillämpa metoder inom jämförande genomik för att analysera och dra slutsatser om organismers biologi och evolution
  • välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem inom området
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från genomanalyser
  • diskutera och presentera samhälleliga, etiska och vetenskapliga aspekter av genomik.

Innehåll

Kursen behandlar bioinformatik med inriktning på analys av genomsekvensdataset och innehåller följande moment och aspekter:

Metoder för storskalig sekvensering och dess olika appliceringar. Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information, annoteringssystem, problematiken kring automatisering av annoteringsprocessen. Bioinformatiska aspekter på olika angreppssätt för att studera genomets funktion, variation och evolution med storskalig sekvensering. Bioinformatiska aspekter på metagenomik.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Skriftligt prov (5 hp). Deltagande i minst 80% av seminarierna och redovisning av datorövningar (5 hp).

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin