Behörighetskrav

Alt. 1) 120 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik.

Alt. 2) 120 hp inklusive Introduktion till bioinformatik och Introduktion till programmering, beräkningsvetenskap och statistik.

Alt 3. 120 hp inklusive 30 hp matematik tillsammans med 30 hp datavetenskap och Introduktion till bioinformatik.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• redogöra för och tillämpa klassisk statistisk slutledning baserat på Bayesianska och frekventistiska metoder, traditionella datorbaserade metoder samt datorintensiva metoder vid analys av en och flera variabler samtidigt
• välja och tillämpa lämpliga ovan nämnda metoder och tekniker för statistisk slutledning på givna frågeställningar för biologiska och biomedicinska molekylära data.

Innehåll

Klassisk slutledning: Frekventistisk och Bayesiansk slutledning, maximum likelihood estimering. Traditionella datorbaserade metoder: Empirisk Bayes, ridge regression, generaliserade linjära modeller, regressionsträd, överlevnadsanalys och EM-algoritmen. Datorintensiva metoder som återsampling, återsamplingsbaserade konfidensintervall, korsvalidering, storskalig hypotestestning, glesa regressionsmodeller, random forests och boosting. Bioinformatiska tillämpningsexempel.

Undervisning

Föreläsningar, räkneövningar och datorlaborationer.

Examination

Skriftligt prov (3 hp), datorlaborationer (2 hp).