Behörighetskrav

60 hp inom Civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik varav 15 hp kemi. Genomgången Cellbiologi varav 6 hp ska vara avklarade.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur
• beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
• bedöma validiteten hos information i makromolekylära strukturdatabaser, samt använda datorprogram för att visualisera och analysera makromolekylära strukturer utifrån funktionella frågeställningar
• använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
• redogöra för mål, teoretisk bakgrund och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat.

Innehåll

Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet och katalys

Översikt av biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för analys och jämförelse av strukturer. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur, homologimodellering av tredimensionell struktur.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorövningar. Närvaro vid seminarier och deltagande i datorövningar är obligatorisk.

Examination

Skriftligt prov (3 hp), laborationer, övningar och seminarier (2 hp).

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.