Allmänt

Kursen ingår i masterprogrammet i läkemedelsmodellering eller läkemedelsutveckling.

Behörighetskrav

150 hp varav 120 hp inom biomedicin, farmaceutisk vetenskap, kemi, läkemedelsutveckling, naturvetenskap och/eller teknik. Dessutom krävs kunskaper i engelska motsvarande Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Efter fullgjord kurs ska studenten kunna:

• beskriva bioinformatiska verktyg och metoder och förklara hur de kan användas inom läkemedelsforskning
• använda bio- och kemoinformatiska programvaror, t.ex. för sekvensanalys, expressionsanalys, och struktur-aktivitetsbaserade metoder
• konfigurera, populera och extrahera information med hjälp av relationsdatabaser och Structured Query Language (SQL)
• lokalisera relevant information i biologiska och kemiska databaser
• träna, validera och använda prediktiva modeller baserade på biokemiska data
• träna, validera och använda Deep Learning modeller med Convolutional Neural Networks baserat på mikroskopibilder
• beskriva och utföra enklare sekvensanalys
• beskriva systembiologiska frågeställningar och konstruera biologiska nätverk

Innehåll

Kursen innehåller teori och metoder för bioinformatisk analys samt grunderna för hur bioinformatiska verktyg kan användas för att lösa problem inom farmaceutiskt område. Kursen innehåller introduktion och historik till farmaceutisk bioinformatik, representation av biologiska och kemiska data i datorer, biologiska och kemiska databaser. Kursen börjar med en kort och intensiv introduktion till Linux, programmering i Python, samt arbete med datorkluster. Kursen innehåller därutöver teori och metoder för analys av experimentella biologiska data, sekvensanalys, expressionsanalys, prediktiv modellering, validering av modeller, struktur-aktivitetsanalyser, Deep Learning och applikationer inom farmaceutisk bioinformatik. För storskaliga analyser kommer högpresterande datorresurser att användas.

Undervisning

Undervisningen sker i form av föreläsningar och datorövningar. Obligatoriska moment: datorlaborationer och inlämningsuppgifter. Kursen kan komma att ges på engelska.

Examination

Skriftlig tentamen sker i slutet av kursen. För godkänd kurs krävs, förutom godkänd tentamen (4,5 hp), godkänt resultat på

obligatoriska moment (3 hp). Möjlighet att komplettera icke godkända obligatoriska moment kan beredas tidigast vid nästa kurstillfälle och endast i mån av plats. Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t. ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare.

Övriga föreskrifter

Kursen kan inte ingå i examen tillsammans med kurserna Farmaceutisk bioinformatik 3FF575 eller 8FF575 då innehållet delvis är detsamma.

Ersätter och motsvarar kurs 3FF576 Farmaceutisk bioinformatik med sekvensanalys, 7.5 högskolepoäng.