Holmqvist labb

Bakteriers levnadsförhållanden karaktäriseras av ständig stress. Exempel på orsaker till stress är snabba och påfrestande miljöförändringar, konkurrens med andra mikroorganismer och, inte minst, immunförsvaret hos en värdorganism. För att kunna överleva och föröka sig krävs att bakterier svarar på sådana påfrestningar genom att med adekvata förändringar i genuttryck anpassa sin fysiologi. I vår forskning studerar vi olika aspekter av bakteriers genreglering, med fokus på funktionen av RNA-bindande proteiner och regulatoriska RNA-molekyler. Vårt mål är identifiera och karaktärisera de reglermekanismer som bakterier använder sig av, samt att förstå hur dessa påverkar bakteriers fysiologi och virulens.

Populärvetenskaplig presentation

Målet med min forskning är att få en djupare förståelse för de molekylära processer som gör att sjukdomsalstrande bakterier framgångsrikt kan infektera, och reproduceras inuti mänskliga värdceller. Tidigare forskning har visat att bakteriella proteiner vars uppgift är att binda till ribonukleinsyror (RNA), så kallade RNA-bindande proteiner, är mycket viktiga för bakteriers infektionskraft: bakterier som saknar vissa av dessa proteiner visar starkt reducerad virulens, men orsaken till detta är inte fastlagd. Centralt för att förstå de underliggande orsakerna till hur RNA-bindande proteiner styr bakteriers infektionsförmåga är att identifiera vilka RNA-molekyler de binder till under infektionsförloppet. Jag använder metoder baserade på den senaste tekniken för att få en djupare förståelse för de mekanismer RNA-bindande proteiner använder, samt hur dessa proteiners aktivitet påverkar bakteriers fysiologi och virulens.

Forskning

...

Gruppmedlemmar

Forskningsledare: Erik Holmqvist

Gruppmedlemmar: Sofia Bergman, Athina Eleftheraki, Margarita Komi

Publikationer

An RNA pseudoknot mediates toxin translation and antitoxin inhibition

Eleftheraki, Athina; Holmqvist, Erik

Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2024
- DOI för An RNA pseudoknot mediates toxin translation and antitoxin inhibition
- Ladda ner fulltext (pdf) av An RNA pseudoknot mediates toxin translation and antitoxin inhibition
Global Identification of RNA-Binding Proteins in Bacteria

Stenum, Thomas Søndergaard; Holmqvist, Erik

Ingår i Methods in Molecular Biology, s. 347-361, 2024
- DOI för Global Identification of RNA-Binding Proteins in Bacteria
ProQ-dependent activation of Salmonella virulence genes mediated by post-transcriptional control of PhoP synthesis

Bergman, Sofia; Andresen, Liis; Kjellin, Jonas; Burgo, Yolanda Martinez et al.

Ingår i mSphere, 2024
- DOI för ProQ-dependent activation of Salmonella virulence genes mediated by post-transcriptional control of PhoP synthesis
- Ladda ner fulltext (pdf) av ProQ-dependent activation of Salmonella virulence genes mediated by post-transcriptional control of PhoP synthesis
Rescue of Escherichia coli auxotrophy by de novo small proteins

Babina, Arianne M.; Surkov, Serhiy; Ye, Weihua; Jerlström-Hultqvist, Jon et al.

Ingår i eLIFE, 2023
- DOI för Rescue of Escherichia coli auxotrophy by de novo small proteins
- Ladda ner fulltext (pdf) av Rescue of Escherichia coli auxotrophy by de novo small proteins
RNA interactome capture in Escherichia coli globally identifies RNA-binding proteins

Stenum, Thomas Søndergaard; Kumar, Ankith D.; Sandbaumhueter, Friederike A.; Kjellin, Jonas et al.

Ingår i Nucleic Acids Research, s. 4572-4587, 2023
- DOI för RNA interactome capture in Escherichia coli globally identifies RNA-binding proteins
- Ladda ner fulltext (pdf) av RNA interactome capture in Escherichia coli globally identifies RNA-binding proteins
CsrA enters Hfq's territory: Regulation of a base-pairing small RNA

Søndergaard Stenum, Thomas; Holmqvist, Erik

Ingår i Molecular Microbiology, s. 4-9, 2022
- DOI för CsrA enters Hfq's territory: Regulation of a base-pairing small RNA
- Ladda ner fulltext (pdf) av CsrA enters Hfq's territory: Regulation of a base-pairing small RNA
The RNA-binding protein ProQ promotes antibiotic persistence in Salmonella

Rizvanovic, Alisa; Michaux, Charlotte; Panza, Margherita; Iloglu, Zeynep et al.

Ingår i Molecular and Cellular Biology, 2022
- DOI för The RNA-binding protein ProQ promotes antibiotic persistence in Salmonella
- Ladda ner fulltext (pdf) av The RNA-binding protein ProQ promotes antibiotic persistence in Salmonella
Saturation mutagenesis charts the functional landscape of Salmonella ProQ and reveals a gene regulatory function of its C-terminal domain

Rizvanovic, Alisa; Kjellin, Jonas; Söderbom, Fredrik; Holmqvist, Erik

Ingår i Nucleic Acids Research, s. 9992-10006, 2021
- DOI för Saturation mutagenesis charts the functional landscape of Salmonella ProQ and reveals a gene regulatory function of its C-terminal domain
- Ladda ner fulltext (pdf) av Saturation mutagenesis charts the functional landscape of Salmonella ProQ and reveals a gene regulatory function of its C-terminal domain
Three Ribosomal Operons of Escherichia coli Contain Genes Encoding Small RNAs That Interact With Hfq and CsrA in vitro

Stenum, Thomas Søndergaard; Kongstad, Mette; Holmqvist, Erik; Kallipolitis, Birgitte et al.

Ingår i Frontiers in Microbiology, 2021
- DOI för Three Ribosomal Operons of Escherichia coli Contain Genes Encoding Small RNAs That Interact With Hfq and CsrA in vitro
Small RNAs OmrA and OmrB promote class III flagellar gene expression by inhibiting the synthesis of anti-Sigma factor FlgM

Romilly, Cedric; Hoekzema, Mirthe; Holmqvist, Erik; Wagner, Gerhart E. H.

Ingår i RNA Biology, s. 872-880, 2020
- DOI för Small RNAs OmrA and OmrB promote class III flagellar gene expression by inhibiting the synthesis of anti-Sigma factor FlgM
- Ladda ner fulltext (pdf) av Small RNAs OmrA and OmrB promote class III flagellar gene expression by inhibiting the synthesis of anti-Sigma factor FlgM
The Length of a DNA T-Tract Modulates Expression of a Virulence-Regulating sRNA

Wagner, E. Gerhart H.; Holmqvist, Erik

Ingår i Molecular Cell, s. 175-177, 2020
- DOI för The Length of a DNA T-Tract Modulates Expression of a Virulence-Regulating sRNA
The Small Toxic Salmonella Protein TimP Targets the Cytoplasmic Membrane and Is Repressed by the Small RNA TimR

Andresen, Liis; Martinez-Burgo, Yolanda; Nilsson Zangelin, Josefin; Rizvanovic, Alisa et al.

Ingår i mBio, 2020
- DOI för The Small Toxic Salmonella Protein TimP Targets the Cytoplasmic Membrane and Is Repressed by the Small RNA TimR
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Small Toxic Salmonella Protein TimP Targets the Cytoplasmic Membrane and Is Repressed by the Small RNA TimR
Hfq-dependent mRNA unfolding promotes sRNA-based inhibition of translation

Hoekzema, Mirthe; Romilly, Cedric; Holmqvist, Erik; Wagner, Gerhart E. H.

Ingår i EMBO Journal, 2019
- DOI för Hfq-dependent mRNA unfolding promotes sRNA-based inhibition of translation
- Ladda ner fulltext (pdf) av Hfq-dependent mRNA unfolding promotes sRNA-based inhibition of translation
Global Maps of ProQ Binding In Vivo Reveal Target Recognition via RNA Structure and Stability Control at mRNA 3 ' Ends

Holmqvist, Erik; Li, Lei; Bischler, Thorsten; Barquist, Lars et al.

Ingår i Molecular Cell, s. 971-982, 2018
- DOI för Global Maps of ProQ Binding In Vivo Reveal Target Recognition via RNA Structure and Stability Control at mRNA 3 ' Ends
Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein

Gonzalez, Grecia M.; Hardwick, Steven W.; Maslen, Sarah L.; Skehel, J. Mark et al.

Ingår i RNA, s. 696-711, 2017
- DOI för Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein
- Ladda ner fulltext (pdf) av Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein
Massive functional mapping of a 5'-UTR by saturation mutagenesis, phenotypic sorting and deep sequencing

Holmqvist, Erik; Reimegard, Johan; Wagner, Gerhart E. H.

Ingår i Nucleic Acids Research, 2013
- DOI för Massive functional mapping of a 5'-UTR by saturation mutagenesis, phenotypic sorting and deep sequencing
- Ladda ner fulltext (pdf) av Massive functional mapping of a 5'-UTR by saturation mutagenesis, phenotypic sorting and deep sequencing
A mixed double negative feedback loop between the sRNA MicF and the global regulator Lrp

Holmqvist, Erik; Unoson, Cecilia; Reimegård, Johan; Wagner, Gerhart E. H.

Ingår i Molecular Microbiology, s. 414-427, 2012
- DOI för A mixed double negative feedback loop between the sRNA MicF and the global regulator Lrp
Two antisense RNAs target the transcriptional regulator CsgD to inhibit curli synthesis

Holmqvist, Erik; Reimegård, Johan; Sterk, Maaike; Grantcharova, Nina et al.

Ingår i EMBO Journal, s. 1840-1850, 2010
- DOI för Two antisense RNAs target the transcriptional regulator CsgD to inhibit curli synthesis
Sensory ataxic neuropathy in golden retriever dogs is caused by a deletion in the mitochondrial tRNA^Tyr gene

Baranowska, Izabella; Jäderlund, Karin Hultin; Nennesmo, Inger; Holmqvist, Erik et al.

Ingår i PLoS Genetics, 2009
- DOI för Sensory ataxic neuropathy in golden retriever dogs is caused by a deletion in the mitochondrial tRNA^Tyr gene
Hfq-dependent regulation of OmpA synthesis is mediated by an an-tisense RNA.

Udekwu, Klas I; Darfeuille, Fabien; Vogel, Jörg; Reimegård, Johan et al.

Ingår i Genes & Development, s. 2355-2366, 2005
- DOI för Hfq-dependent regulation of OmpA synthesis is mediated by an an-tisense RNA.

Alumni

Kim Boi Le Huyen, former Postdoc

Liis Andresen, former Postdoc

Thomas Stenum, former Postdoc

Yolanda Martinez Burgo, former Postdoc

Alisa Rizvanovic, former PhD student