Kasson labb

Kasson-gruppen fokuserar på hur höljeförsedda virus infekterar celler. Sådana virus binder först till receptorer på cellytan och släpper sedan ut sitt genom i cellen via en process av membranfusion. Vi forskarer de fysiska bestämningsfaktorer som styr när och var dessa infektiösa processer kan ske. Gruppen använder optisk mikroskopi av enskilda virus, molekylära dynamiksimuleringar och andra biofysiska tekniker för att reda ut de virus-membraninteraktioner som kontrollerar infektion.
Populärvetenskaplig presentation
Vi har alla upplevt virussjukdomar, och den enda underliggande konstanten i virusriskbedömning är att det kommer att bli fler. Utmaningen är att veta var, när och vad vi som samhälle kan göra åt det. Både riskbedömning för viruspandemier och forskning om "vardagliga" virus involverar frågor från molekylär till global skala. Vi fokuserar på att förstå de fysiska bestämningsfaktorerna för infektion - vilka fysiska mekanismer som styr var och hur virus kan ta sig in i celler för att göra fler kopior och spridas. Vad styr om ett virus kan infektera människor, och vilka celler och vävnader i människokroppen som är mottagliga för infektion? Dessa frågor utgör grunden för att bekämpa befintliga virussjukdomar samt förstå de fysiska utmaningarna för framväxande eller nya sjukdomar.
För att förstå dessa frågor följer vi enskilda virus i realtid med hjälp av mikroskopi när de interagerar med celler eller med membranimitatorer. I synnerhet designar vi system där vi kemiskt kan kontrollera aspekter av inträdesprocessen – detta låter oss både förstå mekanismen och undviker riskerna som är förknippade med genetisk funktionsförstärkningsforskning. Vi kombinerar dessa metoder med beräkningsmodellering av molekylerna i virus- och värdmembranen när de interagerar för att få en detaljerad bild av inträdesprocessen. Vi strävar också efter att använda den kunskap och de analyser vi utvecklar för att underlätta sjukdomsövervakning och kliniskt beslutsfattande när det är möjligt.
Forskning
- Varför är influensavirus bättre på att komma in via endosomer?
- Interagerar insektsöverförda virus med mänskliga och insektsvärdmembran på olika sätt?
- Nya optiska sonder för virusinträde och RNA-strukturkinetik
Gruppmedlemmar
Publikationer
Influenza viral infection at the plasma membrane is restricted by lipid composition
Ingår i Journal of Virology, s. 1-18, 2025
- DOI för Influenza viral infection at the plasma membrane is restricted by lipid composition
- Ladda ner fulltext (pdf) av Influenza viral infection at the plasma membrane is restricted by lipid composition
Ingår i PloS Computational Biology, 2025
- DOI för Structural prediction of chimeric immunogen candidates to elicit targeted antibodies against betacoronaviruses
- Ladda ner fulltext (pdf) av Structural prediction of chimeric immunogen candidates to elicit targeted antibodies against betacoronaviruses
Unmasking complex kinetics in viral entry by inferring hypoexponential models
Ingår i Biophysical Journal, s. 4356-4367, 2025
- DOI för Unmasking complex kinetics in viral entry by inferring hypoexponential models
- Ladda ner fulltext (pdf) av Unmasking complex kinetics in viral entry by inferring hypoexponential models
Ingår i Faraday discussions, s. 341-353, 2024
- DOI för Friends and relatives: insight into conformational regulation from orthologues and evolutionary lineages using KIF and KIN
- Ladda ner fulltext (pdf) av Friends and relatives: insight into conformational regulation from orthologues and evolutionary lineages using KIF and KIN
Ingår i Protein Science, 2024
- DOI för Key interaction networks: Identifying evolutionarily conserved non-covalent interaction networks across protein families
- Ladda ner fulltext (pdf) av Key interaction networks: Identifying evolutionarily conserved non-covalent interaction networks across protein families
Single-Virus Microscopy of Biochemical Events in Viral Entry
Ingår i JACS Au, s. 399-407, 2024
- DOI för Single-Virus Microscopy of Biochemical Events in Viral Entry
- Ladda ner fulltext (pdf) av Single-Virus Microscopy of Biochemical Events in Viral Entry
Ingår i Current opinion in structural biology, 2024
- DOI för Using residue interaction networks to understand protein function and evolution and to engineer new proteins
- Ladda ner fulltext (pdf) av Using residue interaction networks to understand protein function and evolution and to engineer new proteins
Ingår i Journal of Chemical Physics, 2023
- DOI för KIF-Key Interactions Finder: A program to identify the key molecular interactions that regulate protein conformational changes
- Ladda ner fulltext (pdf) av KIF-Key Interactions Finder: A program to identify the key molecular interactions that regulate protein conformational changes
Mechanistic dissection of antibody inhibition of influenza entry yields unexpected heterogeneity
Ingår i Biophysical Journal, s. 1996-2006, 2023
- DOI för Mechanistic dissection of antibody inhibition of influenza entry yields unexpected heterogeneity
- Ladda ner fulltext (pdf) av Mechanistic dissection of antibody inhibition of influenza entry yields unexpected heterogeneity
Ingår i Journal of Virology, 2023
The ACE2 receptor accelerates but is not biochemically required for SARS-CoV-2 membrane fusion
Ingår i Chemical Science, s. 6997-7004, 2023
- DOI för The ACE2 receptor accelerates but is not biochemically required for SARS-CoV-2 membrane fusion
- Ladda ner fulltext (pdf) av The ACE2 receptor accelerates but is not biochemically required for SARS-CoV-2 membrane fusion
gmxapi: A GROMACS-native Python interface for molecular dynamics with ensemble and plugin support
Ingår i PloS Computational Biology, 2022
- DOI för gmxapi: A GROMACS-native Python interface for molecular dynamics with ensemble and plugin support
- Ladda ner fulltext (pdf) av gmxapi: A GROMACS-native Python interface for molecular dynamics with ensemble and plugin support
Ingår i Journal of Physical Chemistry B, s. 10445-10451, 2022
- DOI för Influenza Virus Membrane Fusion Is Promoted by the Endosome-Resident Phospholipid Bis(monoacylglycero)phosphate
- Ladda ner fulltext (pdf) av Influenza Virus Membrane Fusion Is Promoted by the Endosome-Resident Phospholipid Bis(monoacylglycero)phosphate
Measuring single-virus fusion kinetics using an assay for nucleic acid exposure
Ingår i Biophysical Journal, s. 4467-4475, 2022
- DOI för Measuring single-virus fusion kinetics using an assay for nucleic acid exposure
- Ladda ner fulltext (pdf) av Measuring single-virus fusion kinetics using an assay for nucleic acid exposure
Inference of Joint Conformational Distributions from Separately Acquired Experimental Measurements
Ingår i The Journal of Physical Chemistry Letters, s. 1606-1611, 2021
Precise Triggering and Chemical Control of Single-Virus Fusion within Endosomes
Ingår i Journal of Virology, 2021
The N-terminal Helix-Turn-Helix Motif of Transcription Factors MarA and Rob Drives DNA Recognition
Ingår i Journal of Physical Chemistry B, s. 6791-6806, 2021
- DOI för The N-terminal Helix-Turn-Helix Motif of Transcription Factors MarA and Rob Drives DNA Recognition
- Ladda ner fulltext (pdf) av The N-terminal Helix-Turn-Helix Motif of Transcription Factors MarA and Rob Drives DNA Recognition
Acquired Functional Capsid Structures in Metazoan Totivirus-like dsRNA Virus
Ingår i Structure, s. 888-+, 2020
Ingår i The Journal of Physical Chemistry Letters, s. 7190-7196, 2020
Influenza hemagglutinin drives viral entry via two sequential intramembrane mechanisms
Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, s. 7200-7207, 2020
Ingår i Clinical Infectious Diseases, s. 3174-3181, 2020
- DOI för Managing Coronavirus Disease 2019 Spread With Voluntary Public Health Measures: Sweden as a Case Study for Pandemic Control
- Ladda ner fulltext (pdf) av Managing Coronavirus Disease 2019 Spread With Voluntary Public Health Measures: Sweden as a Case Study for Pandemic Control
Ingår i ACS - Infectious Diseases, s. 2096-2104, 2019
Detecting and Controlling Dye Effects in Single-Virus Fusion Experiments
Ingår i Biophysical Journal, s. 445-452, 2019
Hybrid Refinement of Heterogeneous Conformational Ensembles Using Spectroscopic Data
Ingår i The Journal of Physical Chemistry Letters, s. 3410-3414, 2019
Ingår i Journal of Physical Chemistry B, s. 3576-3590, 2019
- DOI för Long Time-Scale Atomistic Simulations of the Structure and Dynamics of Transcription Factor-DNA Recognition
- Ladda ner fulltext (pdf) av Long Time-Scale Atomistic Simulations of the Structure and Dynamics of Transcription Factor-DNA Recognition
Adaptive ensemble simulations of biomolecules
Ingår i Current opinion in structural biology, s. 87-94, 2018
- DOI för Adaptive ensemble simulations of biomolecules
- Ladda ner fulltext (pdf) av Adaptive ensemble simulations of biomolecules
Cholesterol enhances influenza binding avidity by controlling nanoscale receptor clustering
Ingår i Chemical Science, s. 2340-2347, 2018
- DOI för Cholesterol enhances influenza binding avidity by controlling nanoscale receptor clustering
- Ladda ner fulltext (pdf) av Cholesterol enhances influenza binding avidity by controlling nanoscale receptor clustering
Conformational Intermediate That Controls KPC-2 Catalysis and Beta-Lactam Drug Resistance
Ingår i ACS Catalysis, s. 2741-2747, 2018
gmxapi: a high-level interface for advanced control and extension of molecular dynamics simulations.
Ingår i Bioinformatics, s. 3945-3947, 2018
- DOI för gmxapi: a high-level interface for advanced control and extension of molecular dynamics simulations.
- Ladda ner fulltext (pdf) av gmxapi: a high-level interface for advanced control and extension of molecular dynamics simulations.
Ingår i Journal of Molecular Biology, s. 594-601, 2018
pH Dependence of Zika Membrane Fusion Kinetics Reveals an Off-Pathway State
Ingår i ACS CENTRAL SCIENCE, s. 1503-1510, 2018
- DOI för pH Dependence of Zika Membrane Fusion Kinetics Reveals an Off-Pathway State
- Ladda ner fulltext (pdf) av pH Dependence of Zika Membrane Fusion Kinetics Reveals an Off-Pathway State
Refinement of highly flexible protein structures using simulation-guided spectroscopy
Ingår i Angewandte Chemie International Edition, s. 17110-17114, 2018
- DOI för Refinement of highly flexible protein structures using simulation-guided spectroscopy
- Ladda ner fulltext (pdf) av Refinement of highly flexible protein structures using simulation-guided spectroscopy
Ingår i Biophysical Journal, 2018
Predicting allosteric mutants that increase activity of a major antibiotic resistance enzyme
Ingår i Chemical Science, s. 6484-6492, 2017
- DOI för Predicting allosteric mutants that increase activity of a major antibiotic resistance enzyme
- Ladda ner fulltext (pdf) av Predicting allosteric mutants that increase activity of a major antibiotic resistance enzyme
Understanding allosteric modulation of beta lactamase function and bacterial drug resistance
Ingår i Abstracts of Papers of the American Chemical Society, 2017