Forster labb

Vi jobbar med proteinsyntes, syntetisk biologi och läkemedelsforskning.

Länk till vår extern hemsida

Populärvetenskaplig presentation

Proteinerna styr livets kemiska aktiviteter och är byggstenar i dess strukturer. De sammanfogas av 20 olika (naturliga) aminosyror av en molekylär maskin kallad ribosomen i en komplicerad process, central för celltillväxt och för all biologi. Proteinsyntesmaskineriet i bakterier är det viktigaste målet för antibiotika, och utveckling av nya läkemedel har återigen fått högsta medicinska prioritet på grund den snabbt framväxande antibiotikaresistensen hos sjukdomsalstrande bakterier. Proteinsyntesen är viktig inom biomedicinsk forskning och bioteknik också för syntes av enzymer, hormoner och antikroppar. Sådana tillämpningar kan utvidgas och effektiviseras genom att använda syntetisk biologi, låta proteinsyntesen ske i provrör och utnyttja andra typer av (onaturliga) aminosyror än de 20 som cellerna vanligen använder. Förbättrad kunskap förväntas bli viktig för tillverkning av nya typer av proteinmutanter, för studier av proteinstrukturer och för upptäckt av nya läkemedel genom styrd evolution av små proteiner som innehåller onaturliga aminosyror (peptidomimetik). Onaturliga aminosyror är både önskade och vanliga komponenter i läkemedel, då de endast långsamt bryts ner i kroppen och lätt tar sig in i våra celler; egenskaper vilka både ökar läkemedlets aktivitet och den mängd sjukdomsalstrande mål det kan attackera.

Vår bild på framsidan visar ett onaturligt aminosyra-substrat (flerfärgad och placerad längst ner i bilden), det ribosomala maskineriet (mitten) och en av proteinprodukterna från ribosomen (flerfärgad till höger) bunden till ett tRNA (orange). Bilden är designad av Jinfan Wang och Jiekun Zhang.Bildtext

Gruppmedlemmar

Forskningsledare: Anthony Forster

Gruppmedlemmar: Letian Bao, Raymond Fowler, Michael Pavlov, Adrian Suarez Covarrubias, Conrad Nelson B.Sc. Master Student, Elise Bentfors B.Sc. Master Student, Victoria Niemi Master Student

Publikationer

Translational impacts of enzymes that modify ribosomal RNA around the peptidyl transferase centre

Bao, Letian; Liljeruhm, Josefine; Blanco, Ruben Crespo; Brandis, Gerrit et al.

Ingår i RNA Biology, s. 31-41, 2024
- DOI för Translational impacts of enzymes that modify ribosomal RNA around the peptidyl transferase centre
- Ladda ner fulltext (pdf) av Translational impacts of enzymes that modify ribosomal RNA around the peptidyl transferase centre
Plasticity and conditional essentiality of modification enzymes for domain V of Escherichia coli 23S ribosomal RNA

Liljeruhm, Josefine; Leppik, Margus; Bao, Letian; Truu, Triin et al.

Ingår i RNA, s. 796-807, 2022
- DOI för Plasticity and conditional essentiality of modification enzymes for domain V of Escherichia coli 23S ribosomal RNA
Rate-limiting hydrolysis in ribosomal release reactions revealed by ester activation

Bao, Letian; Karpenko, Victoriia V.; Forster, Anthony C.

Ingår i Journal of Biological Chemistry, 2022
- DOI för Rate-limiting hydrolysis in ribosomal release reactions revealed by ester activation
- Ladda ner fulltext (pdf) av Rate-limiting hydrolysis in ribosomal release reactions revealed by ester activation
Revisiting the Extinction of the RNA World

Forster, Anthony C.

Ingår i Biochemistry, s. 749-751, 2022
- DOI för Revisiting the Extinction of the RNA World
- Ladda ner fulltext (pdf) av Revisiting the Extinction of the RNA World
Tales of the unexpected in Sidney Altman's laboratory

Forster, Anthony C.

Ingår i RNA, s. 1406-1408, 2022
In vitro synthesis of 32 translation-factor proteins from a single template reveals impaired ribosomal processivity

Doerr, Anne; Foschepoth, David; Forster, Anthony C.; Danelon, Christophe

Ingår i Scientific Reports, 2021
- DOI för In vitro synthesis of 32 translation-factor proteins from a single template reveals impaired ribosomal processivity
- Ladda ner fulltext (pdf) av In vitro synthesis of 32 translation-factor proteins from a single template reveals impaired ribosomal processivity
Overcoming chromoprotein limitations by engineering a red fluorescent protein

Bao, Letian; Menon, P. Navaneeth K.; Liljeruhm, Josefine; Forster, Anthony C.

Ingår i Analytical Biochemistry, 2020
- DOI för Overcoming chromoprotein limitations by engineering a red fluorescent protein
- Ladda ner fulltext (pdf) av Overcoming chromoprotein limitations by engineering a red fluorescent protein
Rationally designed Spot 42 RNAs with an inhibition/toxicity profile advantageous for engineering E. coli

Vogel, Carolin; Gynnå, Arvid H.; Yuan, Jinwen; Bao, Letian et al.

Ingår i ENGINEERING REPORTS, 2020
- DOI för Rationally designed Spot 42 RNAs with an inhibition/toxicity profile advantageous for engineering E. coli
- Ladda ner fulltext (pdf) av Rationally designed Spot 42 RNAs with an inhibition/toxicity profile advantageous for engineering E. coli
Kinetics of D-amino acid incorporation in translation

Liljeruhm, Josefine; Wang, Jinfan; Kwiatkowski, Marek; Sabari, Samudra et al.

Ingår i ACS Chemical Biology, s. 204-213, 2019
- DOI för Kinetics of D-amino acid incorporation in translation
Engineering a palette of eukaryotic chromoproteins for bacterial synthetic biology

Liljeruhm, Josefine; Funk, Saskia K.; Tietscher, Sandra; Edlund, Anders D. et al.

Ingår i Journal of Biological Engineering, 2018
- DOI för Engineering a palette of eukaryotic chromoproteins for bacterial synthetic biology
- Ladda ner fulltext (pdf) av Engineering a palette of eukaryotic chromoproteins for bacterial synthetic biology
De novo design and synthesis of a 30-cistron translation-factor module

Shepherd, Tyson R; Du, Liping; Liljeruhm, Josefine; Samudyata et al.

Ingår i Nucleic Acids Research, s. 10895-10905, 2017
- DOI för De novo design and synthesis of a 30-cistron translation-factor module
- Ladda ner fulltext (pdf) av De novo design and synthesis of a 30-cistron translation-factor module
Translational roles of the C75 2 ' OH in an in vitro tRNA transcript at the ribosomal A, P and E sites

Wang, Jinfan; Forster, Anthony C.

Ingår i Scientific Reports, 2017
- DOI för Translational roles of the C75 2 ' OH in an in vitro tRNA transcript at the ribosomal A, P and E sites
- Ladda ner fulltext (pdf) av Translational roles of the C75 2 ' OH in an in vitro tRNA transcript at the ribosomal A, P and E sites
Kinetics of tRNA^Pyl-mediated amber suppression in E. coli translation reveals unexpected limiting steps and competing reactions: Kinetics of tRNA^Pyl-mediated amber suppression

Wang, Jinfan; Kwiatkowski, Marek; Forster, Anthony

Ingår i Biotechnology and Bioengineering, s. 1552-1559, 2016
- DOI för Kinetics of tRNA^Pyl-mediated amber suppression in E. coli translation reveals unexpected limiting steps and competing reactions: Kinetics of tRNA^Pyl-mediated amber suppression
Ribosomal Peptide Syntheses from Activated Substrates Reveal Rate Limitation by an Unexpected Step at the Peptidyl Site

Wang, Jinfan; Kwiatkowski, Marek; Forster, Anthony C.

Ingår i Journal of the American Chemical Society, s. 15587-15595, 2016
- DOI för Ribosomal Peptide Syntheses from Activated Substrates Reveal Rate Limitation by an Unexpected Step at the Peptidyl Site
Kinetics of Ribosome-Catalyzed Polymerization Using Artificial Aminoacyl-tRNA Substrates Clarifies Inefficiencies and Improvements

Wang, Jinfan; Kwiatkowski, Marek; Forster, Anthony

Ingår i ACS Chemical Biology, s. 2187-2192, 2015
- DOI för Kinetics of Ribosome-Catalyzed Polymerization Using Artificial Aminoacyl-tRNA Substrates Clarifies Inefficiencies and Improvements
A tRNA body with high affinity for EF-Tu hastens ribosomal incorporation of unnatural amino acids

Ieong, Ka-Weng; Pavlov, Michael Y.; Kwiatkowski, Marek; Ehrenberg, Måns et al.

Ingår i RNA, s. 632-643, 2014
- DOI för A tRNA body with high affinity for EF-Tu hastens ribosomal incorporation of unnatural amino acids
- Ladda ner fulltext (pdf) av A tRNA body with high affinity for EF-Tu hastens ribosomal incorporation of unnatural amino acids
Facile Synthesis of N-Acyl-aminoacyl-pCpA for Preparation of Mischarged Fully Ribo tRNA

Kwiatkowski, Marek; Wang, Jinfan; Forster, Anthony C.

Ingår i Bioconjugate chemistry, s. 2086-2091, 2014
- DOI för Facile Synthesis of N-Acyl-aminoacyl-pCpA for Preparation of Mischarged Fully Ribo tRNA
Peptide Formation by N-Methyl Amino Acids in Translation Is Hastened by Higher pH and tRNA^Pro

Wang, Jinfan; Kwiatkowski, Marek; Pavlov, Michael Yu; Ehrenberg, Måns et al.

Ingår i ACS Chemical Biology, s. 1303-1311, 2014
- DOI för Peptide Formation by N-Methyl Amino Acids in Translation Is Hastened by Higher pH and tRNA^Pro
Differential Translation Tunes Uneven Production of Operon-Encoded Proteins

Quax, Tessa E. F.; Wolf, Yuri I.; Koehorst, Jasper J.; Wurtzel, Omri et al.

Ingår i Cell Reports, s. 938-944, 2013
- DOI för Differential Translation Tunes Uneven Production of Operon-Encoded Proteins
- Ladda ner fulltext (pdf) av Differential Translation Tunes Uneven Production of Operon-Encoded Proteins
Structural and functional insights into the molecular mechanism of rRNA m6A methyltransferase RlmJ

Punekar, Avinash S; Liljeruhm, Josefine; Shepherd, Tyson R; Forster, Anthony C et al.

Ingår i Nucleic Acids Research, s. 9537-9548, 2013
- DOI för Structural and functional insights into the molecular mechanism of rRNA m6A methyltransferase RlmJ
- Ladda ner fulltext (pdf) av Structural and functional insights into the molecular mechanism of rRNA m6A methyltransferase RlmJ
Crystal structure of RlmM, the 2'O-ribose methyltransferase for C2498 of Escherichia coli 23S rRNA

Punekar, Avinash S; Shepherd, Tyson R; Liljeruhm, Josefine; Forster, Anthony C et al.

Ingår i Nucleic Acids Research, s. 10507-20, 2012
- DOI för Crystal structure of RlmM, the 2'O-ribose methyltransferase for C2498 of Escherichia coli 23S rRNA
- Ladda ner fulltext (pdf) av Crystal structure of RlmM, the 2'O-ribose methyltransferase for C2498 of Escherichia coli 23S rRNA
Editorial: NextGen SynBio has arrived...

Forster, Anthony C.; Lee, Sang Yup

Ingår i Biotechnology Journal, s. 827-827, 2012
- DOI för Editorial: NextGen SynBio has arrived...
Inefficient delivery but fast peptide bond formation of unnatural l -aminoacyl-tRNAs in translation

Ieong, Ka-Weng; Pavlov, Michael Y.; Kwiatkowski, Marek; Forster, Anthony C. et al.

Ingår i Journal of the American Chemical Society, s. 17955-17962, 2012
- DOI för Inefficient delivery but fast peptide bond formation of unnatural l -aminoacyl-tRNAs in translation
Multigene expression in vivo: Supremacy of large versus small terminators for T7 RNA polymerase

Du, Liping; Villarreal, Seth; Forster, Anthony C.

Ingår i Biotechnology and Bioengineering, s. 1043-1050, 2012
- DOI för Multigene expression in vivo: Supremacy of large versus small terminators for T7 RNA polymerase
Multiplexed in Vivo His-Tagging of Enzyme Pathways for in Vitro Single-Pot Multienzyme Catalysis

Wang, Harris H.; Huang, Po-Yi; Xu, George; Haas, Wilhelm et al.

Ingår i ACS Synthetic Biology, s. 43-52, 2012
- DOI för Multiplexed in Vivo His-Tagging of Enzyme Pathways for in Vitro Single-Pot Multienzyme Catalysis