Samhällsekologi
Nischer och konkurrens
Nischer är ett centralt begrepp i dagens ekologi som beskriver artens anpassning till miljön. En aspekt är under vilka miljöförhållanden (temperatur, näring, pH etc.) som arten kan leva, vilket exemplifieras ymnigt när Linné beskriver växternas och djurens upprätthållande processer (conservatio). Som exempel noterar han vid vilken höjd olika växter kan leva i Dalafjällen, och drar paralleller till Alperna och Pyrenéerna.
En annan nischaspekt är hur arten livnär sig (fröätare, rovdjur, nedbrytare etc.). Här beskriver Linné hur nästan varje växt är föda åt en insekt, och många insekter lever endast på bestämda växter, och exemplifierar med silkesmasken som inte klarar sig utan mullbärsträdet.
Dagens ekologer diskuterar hur arter med överlappande nischer kan konkurrera med varandra om resurser, medan nischseparation (specialisering) minskar konkurrensen, eller med Linnés ord: Härav kommer sig att den ena arten inte lägger beslag på den andras mat, ty om så skulle ske skulle den äventyra både liv och hälsa. Trots att Linné beskriver naturen som allas krig mot alla, betonar han förhållanden som begränsar detta krig: Varje växt håller sig sålunda inom sin egen växtplats för att den inte skall tränga ut den andra.
Detta leder Linnés till ett resonemang om artrikedom: Om till exempel det i Sverige finns trettonhundra växter som alla växer på sin anvisade plats, är det ändå sällan man kan finna mer än femtio eller hundra inom en och samma lokal. Även dessa arter kan skonas från att vålla varandra skada genom att de har olika blomningstid, det vi idag skulle kalla fenologisk nischseparation.
Herbivori, predation, och andra trofiska interaktioner
Idag beskriver vi organismernas olika funktioner i ekosystemet som trofinivåer (näringsnivåer). Gröna växter är primärproducenter genom att de lägger grunden för allt övrigt liv genom sin fotosyntes. Djurens trofinivå beror på om de är växtätare (herbivor) eller rovdjur (predator), och dessutom tillkommer mikroorganismer som nedbrytare.
Linné drar slutsatsen att djuren i främsta rummet är skapade för växternas skull och inte växterna för djurens. Slutsatsen tycks lite märklig när Linné samtidigt beskriver hur brännässlan som ratas av nästan all boskap, tvingas livnära bortåt femtio insektsarter. Resonemanget bygger på att djurens uppgift är att upprätthålla balansen bland växterna, och utan insekterna skulle brännässlan undertrycka många andra växter.
Ekologiskt experiment
I vad som kan betraktas som världens första ekologiska experiment följde Linné, med hjälp av ett antal studenter, olika husdjur och antecknade vilka växter de åt och vilka de ignorerade. Baserat på 2314 observationer kunde han sammanfatta hur många växtarter som åts och ratades av nötkreatur, getter, får, hästar och grisar, och i 868 fall lämnades växten orörd.

Resultat från Linnés undersökning av husdjurens näringspreferenser. Ur Pan Suecicus (1749).
Köttätande växter
”Köttätande” växter är en slags omvänd växt-djurinteraktion som i Sverige representeras av flera arter av sileshår, tätört och bläddra. De kan fånga insekter och har enzym som gör att de kan bryta ner insekterna och tillgodogöra sig kväve och fosfor. I ett brev till Nicolaas Laurens Burman i Amsterdam 1768 beskriver Linné med en teckning hur den nordamerikanska arten venusflugfälla (Dionaea muscipula) fångar insekter genom att snabbt slå ihop bladen, men att växten hade något utbyte av fångsten undgick Linné.

Linnés teckning av den köttätande växten venusflugfälla (Dionaea muscipula).
Mutualism
I djurens uppgift ligger också att hjälpa växterna med deras spridning mot en belöning i fruktköttet de äter; alltså en mutualism med dagens terminologi. Nötskrikan, som samlar gömmor med nötter, glömmer dem ibland varvid de gror till en ymnig avkomma, och ekorrars och korsnäbbars slarviga ätande hjälper gran- och tallfrön att hamna i fuktig mossa.
Pollination
Med tanke på Linnés väldiga kunskaper om blommor och bin är det överraskande att han inte kom till insikt om hur en annan oerhört viktigt mutualism, nämligen insektspollination, går till. I enlighet med tidens uppfattning ansåg Linné länge att insekterna skadade växten genom att ta nektar (som man tänkte sig utgjorde näring till frukten) och pollen. Senare menade han visserligen att bina kan bidra till pollineringen, men bara genom att de ruskade om i blomman så att pollen spreds från ståndare till pistill (Eriksson 1983).
Parasitism
I naturens styrelseskick är gräsen förstås bönder och mossorna utfattiga torpare. Men det finns också soldater: växter som tistlar och berberis har beväpnats för att skydda sig mot djuren. Utan att känna till klorofyll och fotosyntes, beskrev Linné hur till exempel snärjor och vissa orkidéer parasiterar på gröna växter, eller som det uttrycks i Linnés politiska analogi att de står under fosterföräldrarnas vårdnad.
I Dalaresan och Lapplandsresan ges ett ett annat exempel på parasitism när Linné beskriver hur oxstyng och renstyng plågar boskap och renar när de lägger sina ägg i pälsen.

Renstyng. Teckning i Linnés dagbok från Lapplandsresan.
Alla fågelskådare känner till labbens metod att stjäla mat från måsfåglar, men Linné har mer kunskap att bjuda på om labben: om hösten, när fisken gömmer sig på djupet, är det Mergus merganser, larden, som håller Lari med skaffningen, då denna fågel ju kan dyka ännu djupare i havet (Mergus merganser = storskrake). Linné gav labben artepitetet parasiticus.
Succession
Även om begreppet succession (förändring i artsammansättning över tiden) knappast användes på 1700-talet var det klart för Linné att vegetationen inte är statisk. Ett exempel är förändringar som orsakas av landhöjning (fast dåtidens beskrivning var snarare "vattuminskning"). Han hittar skalgrusbankar långt in i landet. Från Norrbottens invånare hör han hur mycket havet sjunker på tio år, och beräknar att det blir (med viss överskattning) 4 fot och 5 tum (ca 135 cm) för varje århundrade. Linné skildrar hur växter invaderar kala klippor som reser sig ur havet och förklarar även mekanismerna: Skorplavar är de enda som kan växa på kala klippor, och de ger en grogrund för bladlavar. Därefter kommer mossor, och det är först när dessa ruttnar bort som myllan räcker för örter och träd. För Linné var det en viktig uppgift i naturens hushållning som tilldelats dessa lavar trots att vi anser dem för värdelösa. Numera förklarar vi hur arter ersätter varandra under en succession genom att de skiljer sig i förmåga att kolonisera och konkurrera i en viss miljö.