Genomanalys
Kursplan, Avancerad nivå, 1MB462
- Kod
- 1MB462
- Utbildningsnivå
- Avancerad nivå
- Huvudområde(n) med fördjupning
- Bioinformatik A1F, Teknik A1F
- Betygsskala
- Med beröm godkänd (5), Icke utan beröm godkänd (4), Godkänd (3), Underkänd (U)
- Fastställd av
- Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 22 oktober 2021
- Ansvarig institution
- Institutionen för biologisk grundutbildning
Behörighetskrav
120 hp. Genomgången Molekylär evolution, och genomgången kurs i programmering 5 hp. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
Mål
Efter godkänd kurs ska studenten kunna:
- sätta samman råsekvensdata till genomsekvenser och/eller inpassa dem till existerande referensgenomsekvenser
- analysera genomsekvensdata med avseende på t.ex. genuttryck, genomfunktion, genomevolution och variation inom populationer
- välja samt tillämpa metoder inom jämförande genomik för att analysera och dra slutsatser om organismers biologi och evolution
- välja sekvensteknologi och tillämpa existerande programvaror för givna biologiska problem inom området
- kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från genomanalyser
- diskutera och presentera samhälleliga, etiska och vetenskapliga aspekter av genomik.
Innehåll
Kursen behandlar bioinformatik med inriktning på analys av genomsekvensdataset och innehåller följande moment och aspekter:
Metoder för storskalig sekvensering och dess olika appliceringar. Sammanställning av råsekvensdata till sammansatta genom. Inpassning av råsekvensdata till existerande referensgenom. Principer för annotering av gener och annan biologisk information, annoteringssystem, problematiken kring automatisering av annoteringsprocessen. Bioinformatiska aspekter på olika angreppssätt för att studera genomets funktion, variation och evolution med storskalig sekvensering. Bioinformatiska aspekter på metagenomik.
Undervisning
Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.
Examination
Skriftligt prov (5 hp). Deltagande i minst 80% av seminarierna och redovisning av datorövningar (5 hp).
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.