DanioReadout – en forskningsinfrastruktur för zebrafisk

DanioReadout är placerad vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Forskningsinfrastrukturen arbetar nära zebrafiskanläggningen vid Biomedicinskt centrum som invigdes 2023 och i dag är den största i sitt slag i Sverige. Verksamheten är i första hand inriktad på Uppsala universitet, men samarbetar även nationellt.

– Vi finns till för att stötta forskning vid Uppsala universitet. Den som vill använda zebrafisk i sitt projekt kan vända sig till oss, oavsett tidigare erfarenhet av modellen, säger Beata Filipek Gorniok, verksamhetsansvarig för DanioReadout.

300 specifika stammar

En central del av DanioReadouts verksamhet är genetisk modifiering av zebrafisk. Sedan 2015 har infrastrukturen tagit fram närmare 300 zebrafisklinjer – genetiskt definierade stammar med specifika, ärftliga egenskaper som används som forskningsmodeller.

– Det här är vår mest etablerade service. Vi har lång erfarenhet av att skapa nya zebrafisklinjer som sedan kan användas i många olika sammanhang, säger Beata.

Linjerna används bland annat för att studera genfunktion, sjukdomsmekanismer och biologiska processer, men även inom mer tillämpade områden som läkemedelsutveckling och toxicitetstestning.

– Det är ofta ett nära samarbete. Vi bidrar med zebrafiskkompetensen och tekniken, medan forskargruppen bidrar med sin sjukdoms- eller cellmodell, säger Beata.

Hög genomströmning och integrerad analys

DanioReadout erbjuder avancerad avbildning med hög genomströmning, särskilt anpassad för zebrafiskembryon och larver. Infrastrukturen har tillgång till automatiserade system för avbildning samt kompetens inom bioinformatik och bildanalys.

– Målet är att kunna stödja forskare i alla stadier av arbetet, från projektrådgivning till att leverera redan analyserade data. Det ökar chanserna för lyckade projekt, säger Beata.

Detta möjliggör mer detaljerade studier inom till exempel toxikologi och läkemedelsscreening, där effekter kan analyseras på organ- och cellnivå.

Zebrafisk ett perfekt komplement

Zebrafisk används i dag inom ett brett spektrum av biomedicinsk forskning. En viktig fördel är att embryona utvecklas snabbt och är genomskinliga under de första dagarna, vilket gör det möjligt att följa biologiska processer i realtid.

– Zebrafisk började som en modell inom utvecklingsbiologi, men har blivit allt viktigare även för sjukdomsmodellering, säger Kaska Koltowska, vetenskapligt ansvarig för DanioReadout.

Cirka 80 procent av människans sjukdomsrelaterade gener har motsvarigheter hos zebrafisk, vilket gör modellen relevant för studier av genetiska sjukdomar, cancer och infektionssjukdomar. DanioReadout följer de senaste forskningsrönen och fokuserar på att utveckla tekniker för bland annat studier av mänskliga cancerceller i zebrafiskembryon.

– Zebrafisk fungerar som en brygga mellan cellkultur och möss. Man kan arbeta i en levande organism, men ändå behålla möjligheten till hög genomströmning, säger Kaska.

Etiska och praktiska fördelar

En fördel med zebrafisk är också att det är möjligt att genomföra pilotstudier redan på ett tidigt stadium i embryots utveckling, vilket innebär studier på cellnivå

– Det här ligger väl i linje med 3R-principerna och gör zebrafisk särskilt användbar i tidiga skeden av ett projekt, säger Beata.

Den snabba utvecklingen innebär också kortare ledtider.

– Redan efter 24 timmar har embryot ett fungerande hjärta. Det gör att man snabbt kan få svar i till exempel hjärt-kärlrelaterade studier, säger Kaska Koltowska.

Flexibelt stöd och gemensam utveckling

DanioReadout arbetar flexibelt och anpassar stödet efter projektets behov – från full service till utbildning och handledning för grupper som själva vill arbeta med zebrafisk.

– Vi ser varje projekt som ett samarbete. Vår roll är att sänka trösklarna och göra det möjligt att använda zebrafisk på ett genomtänkt och effektivt sätt, säger Beata.

Utöver laboratoriestöd bidrar DanioReadout även till att samla och utveckla zebrafiskverksamheten vid Uppsala universitet genom seminarier, nätverk och gemensamma aktiviteter.

– Vi vill att fler ska få upp ögonen för vad zebrafisk kan tillföra inom medicin och farmaci, avslutar Kaska Koltowska.

Robin Widing