Cryo-EM

Kontakt

Cryo-EM Uppsala erbjuder skräddarsydda lösningar för alla användare, oberoende av tidigare erfarenhet. Kontakta oss på: cryoem-icm@uu.se

Anna Sundborger-Lunna, PhD, Föreståndare
anna-sundborger-lunna@icm.uu.se
Tel: 076-0472807

Daniel Larsson, PhD, Kryo-EM expert
daniel.larsson@icm.uu.se
Tel: 018-471 4601

Utrustning och tjänster

Cryo-EM Uppsala möjliggör kryo-EM-arbetsflödet för partikel analys (single particle analysis).

Prov preparation

En Mark IV Vitrobot (Thermo Fisher) finns för vitrifikation av prover för kryo-EM-analys. Prover kan antingen utvärderas och analyseras lokalt eller skickas till annan facilitet för datasamling (t.ex. SciLifeLab i Solna).

Utvärdering av prover och datasamling

Ett 200kV Glacios elektronmikroskåp med en Falcon III direkt elektrondetektor finns tillgängling för effektiv snabb-analys av vitrifierade gridder samt för datasamling. Elektronmikroskåpet är utrustat med en autoloader som möjliggör analys av upp till 12 prover under 3 dagar. Falcon III elektrondeterktorn samlar ca 40-100 filmer/timmer beroende på prov samt inställningar.

Dataanalys och 3D rekonstruktion

Cryo-EM Uppsala get möjlighet till direkt-analys av data under insamling för optimering av prover. Vi erbjuder även infrastruktur för 3D rekonstruktion och modell-byggande med hjälp av olika mjukvarupaket, inklusive Cryosparc, Relion, COOT och Chimera.

Start ett nytt projekt/Boka prepration och analys

Cryo-EM Uppsala erbjuder skräddarsydda lösningar baserade på projektets mål samt användarens tidigare erfarenhet av kryo-EM. Fyll i blankett(er) och skicka till: cryoem-icm@uu.se

• För att påbörja ett nytt projet: Projektformulär Word, 97 kB. PI-formulär Word, 98 kB.
• För att komma igång med prov preparation: (VitroBot): Vitrobot-formulär Word, 99 kB.
• För att komma igång med prov analysis (Glacios): Glacios-formulär Word, 101 kB.

Utbildning

Cryo-EM Uppsalas mål är att tjäna både nya och erfarna kryo-EM-användare vid Uppsala universitet med omnejd. Erfarna användare kommer att få möjlighet till självständigt arbete efter en kort introduktion, medan nya användare kommer att erbjudas kurser (Intro till kryo-EM), workshops och andra utbildningstillfällen. Vänligen kontakta oss på cryoem-icm@uu.se för mer information!

Kostnad

Kontakta oss för information om hur man bokar instrumenten. Avbokning senast 24 h innan start.

VitroBot

• 600 SEK/tillfälle (exklusive kostnad för griddar)

Glacios

• Dag: 2500 SEK (6 timmar mellan 9.00 och 15.00)
• ​Natt: 2500 SEK (18 timmar mellan 15:00 och 9:00 dagen efter)
• Datasamling över helg: 2500 SEK / 24 h

Rabatter på användning av mikroskopet för olika användargrupper:

• Institutionen för cell- och molekylärbiologi vid Uppsala universitet: 20%
• Fakulteterna TekNat och MedFarm vid Uppsala universitet: 10%
• Andra akademiska användare: 5%

Bokningar

Instrumentbokning och fakturering sker via bokningssystemet iLab https://uu.ilab.agilent.com/service_center/show_external/3748/cryoem.

​Tillkännagivanden

All utnyttjande av faciliteten för provberedning, screening, datasamling, data processning och konsultation ska tillkännages i samband med publiktation. Vänligen inkludera detta stycke:

We acknowledge the use of the Cryo-EM Uppsala facility for [include the services used here], funded by the Department of Cell and Molecular Biology, the Disciplinary Domains of Science and Technology and of Medicine and Pharmacy at Uppsala University.

SLACK

Du hittar oss här: cryo-emuppsala.slack.com (kontakta oss för att få en inbjudan)