Molekylär farmakognosi

Beskrivning
Det slutliga målet för forskningen inom "urvalsmetoder" kommer att vara att smälta kartorna för att navigera i evolutionära rymden - fylogenier - och de för att navigera i naturliga produkter kemiska rymden - kemografi - för att bevisa en fast grund för urvalsprocessen i arbetet med naturproduktskemi.
Filogenier, hypoteser om evolutionära relationer, har under de senaste 20 åren framträtt som ett av de kraftfulla begreppen någonsin inom livsvetenskaperna, med avseende på deras förklarande kraft.
En av de största fördelarna med fylogenier jämfört med de äldre synoptiska arrangemangen är att det också möjliggör ett förutsägbart perspektiv. Detta alternativ har sitt ursprung i själva fylogenys egenskaper - eftersom de observerade grupperingarna bildas av delade, härledda, karaktärer som tillåter sig att tolkas från trädet.
Även om den överväldigande majoriteten av de fylogenetiska hypoteserna som föreslås idag har sin bas i molekylära data såsom stora sträckor av nukleotidsekvensdata, kan praktiskt taget alla typer av hierarkiskt strukturerade data användas - såsom t.ex. biosyntesscheman, kemografiska eller till och med ekologiska data.
2001 föreslog Oprea och Gottfries termen kemografi, i likhet med geografi, som konsten att navigera i kemiska rymden. Begreppet kemiskt rymd används ofta i stället för flerdimensionellt deskriptorutrymme. Navigation i kemiskt rymd kan jämföras med att göra en verklig rymdresa, men utan en raket. I kemiska rymden utgör stjärnor och planeter av kemiska föreningar placerade baserat på deras egenskaper, där liknande föreningar grupperas tillsammans.
Vi har därför utvecklat en utvidgad kemisk rymdkarta anpassad för forskning om naturprodukter - http://chemgps.bmc.uu.se. De kemiska föreningarna i naturen är mycket olika och många gånger extremt komplexa och skiljer sig från "normala" läkemedelsliknande föreningar. Därför kommer ChemGPS-NP att ha kärnstrukturer med fokus på naturliga produkter och ännu mer extrema satelliter än den ursprungliga ChemGPS. Detta för att säkerställa att de naturliga produkterna som studeras inte hamnar som utskott när de förutses med modellen. Dessa är några aspekter av vad vi försöker utforska och använda i urvalet av studieobjekt på jakt efter bioaktiva föreningar, deras ursprung, utveckling och distribution.
Publikationer
Ingår i ACS Omega, s. 37116-37127, 2023
- DOI för Anti-inflammatory and Antiphytopathogenic Fungal Activity of 2,3-seco-Tirucallane Triterpenoids Meliadubins A and B from Melia dubia Cav. Barks with ChemGPS-NP and In Silico Prediction
- Ladda ner fulltext (pdf) av Anti-inflammatory and Antiphytopathogenic Fungal Activity of 2,3-seco-Tirucallane Triterpenoids Meliadubins A and B from Melia dubia Cav. Barks with ChemGPS-NP and In Silico Prediction
Ingår i PLOS ONE, 2022
- DOI för In vitro and in silico evaluation of Ononis isoflavonoids as molecules targeting the central nervous system
- Ladda ner fulltext (pdf) av In vitro and in silico evaluation of Ononis isoflavonoids as molecules targeting the central nervous system
Ingår i Pharmaceutics, 2022
- DOI för Stability Study of Alpinia galanga Constituents and Investigation of Their Membrane Permeability by ChemGPS-NP and the Parallel Artificial Membrane Permeability Assay
- Ladda ner fulltext (pdf) av Stability Study of Alpinia galanga Constituents and Investigation of Their Membrane Permeability by ChemGPS-NP and the Parallel Artificial Membrane Permeability Assay
Ingår i PLOS ONE, 2021
- DOI för Survival and growth of saprotrophic and mycorrhizal fungi in recalcitrant amine, amide and ammonium containing media
- Ladda ner fulltext (pdf) av Survival and growth of saprotrophic and mycorrhizal fungi in recalcitrant amine, amide and ammonium containing media
Ingår i Journal of Agricultural and Food Chemistry, s. 11856-11866, 2021
Ingår i Journal of Systematics and Evolution, s. 103-117, 2020
Ingår i Phytochemistry Letters, s. 6-11, 2020
Ingår i Molecules, 2020
- DOI för Evaluating Antimycobacterial Screening Schemes Using Chemical Global Positioning System-Natural Product Analysis
- Ladda ner fulltext (pdf) av Evaluating Antimycobacterial Screening Schemes Using Chemical Global Positioning System-Natural Product Analysis
Ingår i Journal of Natural Products, s. 798-812, 2019
Briaviolides K-N, New Briarane-Type Diterpenoids from Cultured Octocoral Briareum violaceum
Ingår i Marine Drugs, 2018
- DOI för Briaviolides K-N, New Briarane-Type Diterpenoids from Cultured Octocoral Briareum violaceum
- Ladda ner fulltext (pdf) av Briaviolides K-N, New Briarane-Type Diterpenoids from Cultured Octocoral Briareum violaceum
35 Years of Marine Natural Product Research in Sweden: Cool Molecules and Models from Cold Waters.
Ingår i Progress in molecular and subcellular biology, s. 1-34, 2017
Ingår i Molecules, 2017
- DOI för Spasmolytic Mechanism of Aqueous Licorice Extract on Oxytocin-Induced Uterine Contraction through Inhibiting the Phosphorylation of Heat Shock Protein 27
- Ladda ner fulltext (pdf) av Spasmolytic Mechanism of Aqueous Licorice Extract on Oxytocin-Induced Uterine Contraction through Inhibiting the Phosphorylation of Heat Shock Protein 27
Ingår i Frontiers in Plant Science, 2017
- DOI för Cyclotide Evolution: Insights from the Analyses of Their Precursor Sequences, Structures and Distribution in Violets (Viola)
- Ladda ner fulltext (pdf) av Cyclotide Evolution: Insights from the Analyses of Their Precursor Sequences, Structures and Distribution in Violets (Viola)
Anti-allergic Hydroxy Fatty Acids from Typhonium blumei Explored through ChemGPS-NP
Ingår i Frontiers in Pharmacology, 2017
- DOI för Anti-allergic Hydroxy Fatty Acids from Typhonium blumei Explored through ChemGPS-NP
- Ladda ner fulltext (pdf) av Anti-allergic Hydroxy Fatty Acids from Typhonium blumei Explored through ChemGPS-NP
Cytotoxic Lanostanoids from Poria cocos
Ingår i Journal of natural products (Print), s. 2805-2813, 2016
Predicting inhibitors of HSP27 phosphorylation using ChemGPS-NP
Ingår i Planta Medica, 2016
Ingår i Planta Medica, 2016
Antileukemic sesterterpenoids from a marine sponge, Luffariella sp.
Ingår i Planta Medica, 2016
Mapping metabolic pathways in chemical property space paves the way for new leishmanicidals
Ingår i Planta Medica, 2016
Phylogenetic relationships through the lens of chemoinformatic methods
Ingår i Planta Medica, 2016
Bioactivity mapping of chemical property space - possible applications in natural products research
Ingår i Planta Medica, 2016
Ingår i Planta Medica, 2016
Ingår i PLoS Neglected Tropical Diseases, 2016
- DOI för The Dynamics of Lateral Gene Transfer in Genus Leishmania - A Route for Adaptation and Species Diversification
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Dynamics of Lateral Gene Transfer in Genus Leishmania - A Route for Adaptation and Species Diversification
Anti-Dengue Virus Constituents from Formosan Zoanthid Palythoa mutuki
Ingår i Marine Drugs, 2016
- DOI för Anti-Dengue Virus Constituents from Formosan Zoanthid Palythoa mutuki
- Ladda ner fulltext (pdf) av Anti-Dengue Virus Constituents from Formosan Zoanthid Palythoa mutuki
"Ligand fishing" in chemical space reveals new potential leishmanicidals
Ingår i Planta Medica, s. 1420-1420, 2015
Charting biological activity in chemical property space using ChemGPS-NP
Ingår i Planta Medica, s. 1413-1413, 2015
Antileukemic lanostanoids from Poria cocos
Ingår i Planta Medica, s. 1418-1418, 2015
"Ligand fishing" in chemical space reveals new potential leishmanicidals
Ingår i Planta Medica, s. 1473-1473, 2015
Antileukemic lanostanoids from Poria cocos
Ingår i Planta Medica, s. 1453-1453, 2015
Ingår i Journal of Microbiological Methods, s. 25-30, 2015
Investigating Pharmacological Similarity by Charting Chemical Space
Ingår i Journal of Chemical Information and Modeling, s. 2375-2390, 2015
Impulse Lecture: The odd fellow - Benefits of anomaly
Ingår i Planta Medica, s. 1373-1374, 2014
Ingår i BMC Evolutionary Biology, s. 119, 2014
- DOI för A recently transferred cluster of bacterial genes in Trichomonas vaginalis - lateral gene transfer and the fate of acquired genes
- Ladda ner fulltext (pdf) av A recently transferred cluster of bacterial genes in Trichomonas vaginalis - lateral gene transfer and the fate of acquired genes
Microbial diversity of Alcyonium digitatum
Ingår i Phytochemistry Reviews, s. 531-542, 2013
Ingår i Phytochemistry Reviews, s. 449-457, 2013
Novel Trisubstituted Harmine Derivatives with Original in Vitro Anticancer Activity
Ingår i Journal of Medicinal Chemistry, s. 6489-6501, 2012
Strategies and methods for a sustainable search for bioactive compounds
Ingår i Planta Medica, s. 1031-1032, 2012
Ingår i PLOS ONE, 2012
- DOI för Synthesis and Biological Evaluation of Phenanthrenes as Cytotoxic Agents with Pharmacophore Modeling and ChemGPS-NP Prediction as Topo II Inhibitors
- Ladda ner fulltext (pdf) av Synthesis and Biological Evaluation of Phenanthrenes as Cytotoxic Agents with Pharmacophore Modeling and ChemGPS-NP Prediction as Topo II Inhibitors
Screening for small cytotoxic peptides in Loranthaceae and Santalaceae
2012
Comparison of extraction methods for alkaline thionins from mistletoes
2012
Natural products in modern life science
Ingår i Phytochemistry Reviews, s. 279-301, 2010
Regarding the putative identity of a moth (Thaumetopoea spp.) allergen
Ingår i Allergy. European Journal of Allergy and Clinical Immunology, s. 493-493, 2009
Novel chemical space exploration via natural products
Ingår i Journal of Medicinal Chemistry, s. 1953-1962, 2009
ChemGPS-NPweb: chemical space navigation online
Ingår i Journal of Computer-Aided Molecular Design, s. 253-259, 2009
The edible truffle Choiromyces venosus and its use in Sweden
Ingår i Acta Botanica Yunnanica, s. 94-96, 2009
ChemGPS-NP mapping of chemical compounds for prediction of anticancer mode of action
Ingår i QSAR & combinatorial science (Print), s. 436-446, 2009
Secondary chemistry and ribosomal DNA data congruencies in Arnica (Asteraceae)
Ingår i Cladistics, s. 78-92, 2009
ChemGPS-NPweb A tool tuned for navigation in biologically relevant chemical space
Ingår i Embnet.news, s. 6-9, 2008
Teoribildning öppnar nya fält för naturproduktsforskning
Ingår i Läkemedelsvärlden, s. 31, 2008
Structure and function of Rubisco
Ingår i Plant physiology and biochemistry (Paris), s. 275-291, 2008