Xingqi Chen – Studier av cellers öden genom att undersöka enskilda celler
Målet för vår forskning är att förstå vad som bestämmer en cells öde under utveckling och vid sjukdomar. Vi utvecklar avancerade tekniker för att systematiskt kunna studera skillnader mellan enskilda celler och hitta de faktorer som är inblandade i att kontrollera specifika cellöden.
Vi är fascinerade av varför celler som innehåller exakt samma DNA ändå kan få olika öden. Vad är det till exempel som gör att vissa celler i kroppen blir till cancerceller men inte andra? Och hur kan stamceller differentiera ut till helt olika celltyper?
Vårt övergripande mål är att förstå betydelsen av epigenetisk reglering av cellers öde vid sjukdomar hos människa. Epigenetik innebär modifieringar av arvsmassan som påverkar dess funktion, utan att själva DNA-sekvensen ändras. För att uppnå detta mål har vi två huvudsakliga tillvägagångssätt:
- Att avläsa mikromiljön i tumörens omgivning för ett flertal celltyper från primära cancerformer med hjälp av tekniker att studera enskilda celler, så kallade singelcell-tekniker.
- Att utveckla avancerade singelcell-tekniker.
Resultaten från vår forskning kan ge bättre kunskap om cancerutveckling på singelcellnivå och bidra till utvecklingen av kliniska diagnosverktyg. På sikt hoppas vi kunna upptäcka nya mål för cancerbehandling.
Karaktärisering av flera lager av information i enskilda celler
Den senaste tidens utveckling av singelcell-tekniker har gjort det möjligt att förstå skillnader mellan celler genom att studera epigenetisk reglering, avläsning av gener och produktion av proteiner i enskilda celler.
Däremot kan analyser av bara en typ av molekyl ge en ofullständig bild av verkligheten eftersom cellens tillstånd beror på ett intrikat samspel mellan arvsmassan, genaktivitet och produktionen av proteiner. För att helt förstå cellens komplexitet behöver vi kunna karaktärisera flera lager av information som processas i en cirkulär loop i exakt samma cell.
I min tidigare verksamhet har jag fokuserat på utveckling av singelcell-tekniker. Jag har tagit fram två metoder som kan användas för att analysera flera olika egenskaper hos en cell vid ett och samma tillfälle, antingen i provrör eller i vävnader. Dessa kommer jag nu att använda i mina planerade forskningsprojekt.
Mer information på gruppens webbsida: www.chenlabuppsala.com
Gruppmedlemmar
Publikationer
Epigenetic insights into GABAergic development in Dravet Syndrome iPSC and therapeutic implications
Ingår i eLIFE, 2024
Epigenetic regulation of cell state by H2AFY governs immunogenicity in high-risk neuroblastoma
Ingår i Journal of Clinical Investigation, 2024
Ingår i Leukemia, s. 1086-1098, 2024
Ingår i PLoS Pathogens, 2024
- DOI för Porcine circovirus type 2 infection promotes the SUMOylation of nucleophosmin-1 to facilitate the viral circular single-stranded DNA replication
- Ladda ner fulltext (pdf) av Porcine circovirus type 2 infection promotes the SUMOylation of nucleophosmin-1 to facilitate the viral circular single-stranded DNA replication
Heparanase Modulates Chromatin Accessibility
Ingår i Cells, 2023
Identification of ATF3 as a novel protective signature of quiescent colorectal tumor cells
Ingår i Cell Death and Disease, 2023
A Highly Sensitive Method to Efficiently Profile the Histone Modifications of FFPE Samples
Ingår i Bio-protocol, 2022
BRD2 compartmentalizes the accessible genome
Ingår i Nature Genetics, s. 481-491, 2022
Ingår i Nature Communications, 2022
- DOI för Cell-lineage controlled epigenetic regulation in glioblastoma stem cells determines functionally distinct subgroups and predicts patient survival
- Ladda ner fulltext (pdf) av Cell-lineage controlled epigenetic regulation in glioblastoma stem cells determines functionally distinct subgroups and predicts patient survival
Dormant SOX9-Positive Cells Facilitate MYC-Driven Recurrence of Medulloblastoma
Ingår i Cancer Research, s. 4586-4603, 2022
Epigenomic priming of immune genes implicates oligodendroglia in multiple sclerosis susceptibility
Ingår i Neuron, s. 1193-1210, 2022
Ingår i Physical Review B, 2022
Ingår i Physical Review B, 2022
Profiling chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded samples
Ingår i Genome Research, s. 150-161, 2022
Ingår i Journal of Investigative Dermatology, s. 705-716, 2022
- DOI för Single-Cell Analysis Reveals Major Histocompatibility Complex II-Expressing Keratinocytes in Pressure Ulcers with Worse Healing Outcomes
- Ladda ner fulltext (pdf) av Single-Cell Analysis Reveals Major Histocompatibility Complex II-Expressing Keratinocytes in Pressure Ulcers with Worse Healing Outcomes
Super-enhancers conserved within placental mammals maintain stem cell pluripotency
Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022
Ingår i Nucleic Acids Research, 2021
Ingår i CURRENT PROTOCOLS, 2021
Ingår i Nature Communications, 2021
Ingår i The FASEB Journal, 2021
Ingår i Physical Review B, 2021
- DOI för Structural phase transition in monolayer gold(I) telluride: From a room-temperature topological insulator to an auxetic semiconductor
- Ladda ner fulltext (pdf) av Structural phase transition in monolayer gold(I) telluride: From a room-temperature topological insulator to an auxetic semiconductor
Super enhancers-Functional cores under the 3D genome
Ingår i Cell Proliferation, 2021
Ingår i Omics, s. 652-659, 2021
3D ATAC-PALM: super-resolution imaging of the accessible genome
Ingår i Nature Methods, s. 430-436, 2020
Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression
Ingår i Nature, s. 699-703, 2019