Sanja Vickovic – Kartläggning av cellers funktion i komplexa vävnader

Vår forskning syftar till att förstå hur genetisk variation, cellers organisation och vävnaders mikromiljö påverkar hälsa och sjukdom. Vi kombinerar avancerade experimentella metoder med beräkningsbiologi och artificiell intelligens för att studera komplexa biologiska system med hög rumslig och molekylär upplösning.

En central del av vår verksamhet är att utveckla och tillämpa metoder för att studera gener i olika vävnader och i enskilda celler samt genmodifiering och avancerad bildanalys. Genom att integrera dessa metoder med bioinformatik, maskininlärning och modellering kan vi koppla molekylära mekanismer till interaktioner mellan celler, vävnadsstruktur och sjukdomsutveckling.

Illustration som visar hur provvävnad används för datagenerering, beräkning och identifiering av biomarkörer

Gruppens forskning fokuserar på utveckling av tekniska innovationer inom precisionsmedicin. Genom att kombinera patologiska och genetiska mätningar med cellmodifiering kan de svara på svåra frågor om komplexa biologiska system.

Cancerbiologi

Ett viktigt fokusområde är cancerbiologi samt vilken betydelse inflammation och immunsystemet har för tumörutveckling. Vi använder avancerade rumsliga analyser för att studera genaktivitet och proteinnivåer direkt i patientvävnad. Dessa data kombineras med djupinlärning och bildanalys för att utveckla digitala patologiplattformar som kan kartlägga interaktioner mellan celler och förutsäga behandlingssvar vid immunterapi.

Målet är att förbättra förståelsen av tumörers mikromiljö och bidra till mer precis cancerbehandling.

Neurodegenerativa sjukdomar

Parallellt studerar vi neurodegenerativa sjukdomar, med särskilt fokus på amyotrofisk lateralskleros (ALS). Med hjälp av stamcellsbaserade modeller och singelcellsanalys undersöker vi hur cellstress påverkar motoriska nervceller. Genom att integrera data om genaktivet, genetik och morfologi med beräkningsmodeller identifierar och validerar vi systematiskt nya mål för behandling.

Tjock- och ändtarmscancer – sjukdomsutveckling och behandlingsresistens

Vi bedriver även forskning om cancerutveckling och tumörers plasticitet vid tjock- och ändtarmscancer. Vi kombinerar sekvensering i enskilda celler, rumsliga analyser av genaktivitet, studier av geners funktion och avläsning av RNA i realtid för att följa hur cancerceller växlar mellan olika funktionella tillstånd. Storskaliga CRISPR- och läkemedelsscreeningar tillsammans med maskininlärning gör att vi kan identifiera vilka molekylära drivkrafter som ligger bakom sjukdomsutveckling och behandlingsresistens.

Förbättrad diagnostik och behandling

Gemensamt för alla våra projekt är ett starkt fokus på att utveckla skalbara experimentella plattformar och stabila beräkningsramverk. Målet är att skapa prediktiva modeller av komplexa biologiska system och att omsätta grundforskning till förbättrad diagnostik och behandling för patienter.