Klinisk mikrobiologi

Forskargruppen klinisk mikrobiologi består av oberoende grupper som forskar om olika patogener, både bakterier som kampylobacter och klamydia, och olika virus. Målen är att förstå hur dessa patogener sprids, hur de orsakar sjukdom, och att förbättra detektion, terapi och preventiva åtgärder.
Beskrivning av vår forskning

Chlamydia trachomatis i prov från livmoderhals. Foto: Björn Herrmann
Kampylobakter
Kampylobakter är den vanligaste sjukdomsframkallande (patogena) gastro-intestinala bakterien och den zoonos (sjukdom som smittar mellan människa och djur) som är mest rapporterad inom EU. Även om kampylobakter medför stora samhälliga och ekonomiska kostnader så är mycket okänt kring hur den orsakar sjukdom. Kampylobakter finns i den normala tarmfloran hos många djur, och kycklingprodukter tros orsaka flertalet kampylobakterinfektioner hos människa.
Mycket är forfarande okänt om vad det är som avgör hur en infektion med kampylobakter utvecklas. Vi vet dock att vissa isolat av kampylobakter orsakar en mer allvarlig sjukdom liksom att infekterade individer drabbas olika, t.ex. beträffande följdsjukdomar. För att förstå hur kampylobakter kan orsaka sjukdom studerar vi därför egenskaper hos både bakterien och människa.
Detektion och analys av patogener
Tidig och snabb detektion av sjukdomsframkallande mikroorganismer är viktigt för att kunna bekämpa infektioner orsakade av bakterier, virus eller svampar. Vår målsättning är därför att utveckla diagnostiska test för analys av både bakterier, virus och svampar. Vi utvecklar också nya bioinformatiska metoder.
Klamydia
Chlamydia trachomatis är globalt sett den vanligaste av sexuellt överförda infektioner och ger upphov till komplikationer med infertilitet som slutpunkt. Vår forskargrupp har utvecklat ett högupplösande typningssystem som möjliggör epidemiologiska undersökningar av hur spridning sker i sexuella nätverk och populationer. Epidemiologi och prevention av klamydia i ett internationellt folkhälsoperspektiv är också en forskningsinriktning.
Chlamydia psittaci är definierad som en högrisk-patogen som orsakar dödliga luftvägsinfektioner, men spridningen från vilda fåglar till människor är dåligt känd. C. psittaci-infektioner hos fåglar och deras roll vid zoonotiska infektioner ingår som ett forskningsområde. Detektion och identifiering av andra bakterier som orsakar luftvägsinfektioner är ytterligare en forskningsinriktning.
Infektionsprevention och kontroll
Inom forskargruppen arbetar vi inom flera projekt som har som mål att förhindra infektioner.
Gruppmedlemmar
Publikationer
Ingår i Scientific Reports, 2025
- DOI för Highly viable gastrointestinal Chlamydia trachomatis in women abstaining from receptive anal intercourse
- Ladda ner fulltext (pdf) av Highly viable gastrointestinal Chlamydia trachomatis in women abstaining from receptive anal intercourse
Ingår i Antimicrobial Agents and Chemotherapy, s. 1-18, 2024
- DOI för Identification of novel and potent inhibitors of SARS-CoV-2 main protease from DNA-encoded chemical libraries
- Ladda ner fulltext (pdf) av Identification of novel and potent inhibitors of SARS-CoV-2 main protease from DNA-encoded chemical libraries
Ingår i Infection Prevention in Practice, 2024
- DOI för Hand hygiene knowledge among nurses and nursing students: a descriptive cross-sectional comparative survey using the WHO's "Hand Hygiene Knowledge Questionnaire"
- Ladda ner fulltext (pdf) av Hand hygiene knowledge among nurses and nursing students: a descriptive cross-sectional comparative survey using the WHO's "Hand Hygiene Knowledge Questionnaire"
Ingår i Microorganisms, 2024
- DOI för ompA Sequencing and Multilocus Sequence Typing of Lymphogranuloma Venereum Cases in Buenos Aires Reveal New Chlamydia trachomatis Genotypes
- Ladda ner fulltext (pdf) av ompA Sequencing and Multilocus Sequence Typing of Lymphogranuloma Venereum Cases in Buenos Aires Reveal New Chlamydia trachomatis Genotypes
Ingår i International Journal of Molecular Sciences, 2024
- DOI för From SARS-CoV-2 to Global Preparedness: A Graphical Interface for Standardised High-Throughput Bioinformatics Analysis in Pandemic Scenarios and Surveillance of Drug Resistance
- Ladda ner fulltext (pdf) av From SARS-CoV-2 to Global Preparedness: A Graphical Interface for Standardised High-Throughput Bioinformatics Analysis in Pandemic Scenarios and Surveillance of Drug Resistance
Tribute to Prof. Dr. Thomas Gustav Tore Jaenson, Uppsala University, Sweden
Ingår i Ticks and Tick-borne Diseases, 2024
2024
Ingår i Microbes and infection, 2024
- DOI för SNP-based high-resolution typing of Chlamydia psittaci from humans and wild birds in Sweden: circulation of the Mat116 genotype reveals the transmission mode to humans
- Ladda ner fulltext (pdf) av SNP-based high-resolution typing of Chlamydia psittaci from humans and wild birds in Sweden: circulation of the Mat116 genotype reveals the transmission mode to humans
The evolutionary and molecular history of a chikungunya virus outbreak lineage
Ingår i PLoS Neglected Tropical Diseases, 2024
- DOI för The evolutionary and molecular history of a chikungunya virus outbreak lineage
- Ladda ner fulltext (pdf) av The evolutionary and molecular history of a chikungunya virus outbreak lineage
Study on the temporal and spatial distribution of Culex mosquitoes in Hanoi, Vietnam
Ingår i Scientific Reports, 2024
- DOI för Study on the temporal and spatial distribution of Culex mosquitoes in Hanoi, Vietnam
- Ladda ner fulltext (pdf) av Study on the temporal and spatial distribution of Culex mosquitoes in Hanoi, Vietnam
Ingår i Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, 2024
Ingår i BMC Infectious Diseases, 2024
- DOI för The risk factors associated with post-transplantation BKPyV nephropathy and BKPyV DNAemia: a prospective study in kidney transplant recipients
- Ladda ner fulltext (pdf) av The risk factors associated with post-transplantation BKPyV nephropathy and BKPyV DNAemia: a prospective study in kidney transplant recipients
2024
Ingår i Current Biology, s. 3955-39650000, 2024
Otitis media: Interactions between host and environment, immune and inflammatory responses
Ingår i International Journal of Pediatric Otorhinolaryngology, 2024
- DOI för Otitis media: Interactions between host and environment, immune and inflammatory responses
- Ladda ner fulltext (pdf) av Otitis media: Interactions between host and environment, immune and inflammatory responses
Ingår i JMIR AI, 2024
- DOI för How Explainable Artificial Intelligence Can Increase or Decrease Clinicians' Trust in AI Applications in Health Care: Systematic Review
- Ladda ner fulltext (pdf) av How Explainable Artificial Intelligence Can Increase or Decrease Clinicians' Trust in AI Applications in Health Care: Systematic Review
Farmed fur animals harbour viruses with zoonotic spillover potential
Ingår i Nature, s. 228-233, 2024
Identification of protease inhibitors against Flaviviruses and Coronaviruses
2023
Mucosal immune responses following a fourth SARS-CoV-2 vaccine dose
Ingår i LANCET MICROBE, 2023
Ingår i Microorganisms, 2023
- DOI för The First Swedish Outbreak with VIM-2-Producing Pseudomonas aeruginosa, Occurring between 2006 and 2007, Was Probably Due to Contaminated Hospital Sinks
- Ladda ner fulltext (pdf) av The First Swedish Outbreak with VIM-2-Producing Pseudomonas aeruginosa, Occurring between 2006 and 2007, Was Probably Due to Contaminated Hospital Sinks
Source Control of Gram-Negative Bacteria Using Self-Disinfecting Sinks in a Swedish Burn Centre
Ingår i Microorganisms, 2023
- DOI för Source Control of Gram-Negative Bacteria Using Self-Disinfecting Sinks in a Swedish Burn Centre
- Ladda ner fulltext (pdf) av Source Control of Gram-Negative Bacteria Using Self-Disinfecting Sinks in a Swedish Burn Centre
Ingår i Microorganisms, 2023
- DOI för Prevalence of SARS-CoV-2 Omicron Sublineages and Spike Protein Mutations Conferring Resistance against Monoclonal Antibodies in a Swedish Cohort during 2022–2023
- Ladda ner fulltext (pdf) av Prevalence of SARS-CoV-2 Omicron Sublineages and Spike Protein Mutations Conferring Resistance against Monoclonal Antibodies in a Swedish Cohort during 2022–2023
Ingår i Viruses, 2023
- DOI för Reduced Binding between Omicron B.1.1.529 and the Human ACE2 Receptor in a Surrogate Virus Neutralization Test for SARS-CoV-2
- Ladda ner fulltext (pdf) av Reduced Binding between Omicron B.1.1.529 and the Human ACE2 Receptor in a Surrogate Virus Neutralization Test for SARS-CoV-2
Ingår i BMC Microbiology, 2023
- DOI för Signatures in in vitro infection of NSC-34 mouse neurons and their cell nucleus with Rickettsia helvetica
- Ladda ner fulltext (pdf) av Signatures in in vitro infection of NSC-34 mouse neurons and their cell nucleus with Rickettsia helvetica
Ingår i The Lancet Regional Health, s. 1-10, 2023
- DOI för Management of asymptomatic sexually transmitted infections in Europe: towards a differentiated, evidence-based approach
- Ladda ner fulltext (pdf) av Management of asymptomatic sexually transmitted infections in Europe: towards a differentiated, evidence-based approach
Ingår i Helicobacter, 2023
- DOI för Incidence of gastrointestinal malignancies increases in persons received eradication therapy for Helicobacter pylori: A cohort study
- Ladda ner fulltext (pdf) av Incidence of gastrointestinal malignancies increases in persons received eradication therapy for Helicobacter pylori: A cohort study
Zoonotic risk assessment among farmed mammals
Ingår i Cell, s. 2040-20400, 2023
Ingår i Microbiology Spectrum, 2023
- DOI för A Comparison of Host Responses to Infection with Wild-Type Avian Influenza Viruses in Chickens and Tufted Ducks
- Ladda ner fulltext (pdf) av A Comparison of Host Responses to Infection with Wild-Type Avian Influenza Viruses in Chickens and Tufted Ducks
Expression of influenza A virus glycan receptor candidates in mallard, chicken, and tufted duck
Ingår i Glycobiology, 2023
- DOI för Expression of influenza A virus glycan receptor candidates in mallard, chicken, and tufted duck
- Ladda ner fulltext (pdf) av Expression of influenza A virus glycan receptor candidates in mallard, chicken, and tufted duck
2023
Ingår i Vector Borne and Zoonotic Diseases, s. 378-383, 2023
Ingår i Viruses, 2022
- DOI för Next-Generation Sequencing Analysis of CpG Methylation of a Tumor Suppressor Gene SHP-1 Promoter in Stable Cell Lines and HCV-Positive Patients
- Ladda ner fulltext (pdf) av Next-Generation Sequencing Analysis of CpG Methylation of a Tumor Suppressor Gene SHP-1 Promoter in Stable Cell Lines and HCV-Positive Patients
Ingår i Pathogens, 2022
- DOI för Methods of Inactivation of Highly Pathogenic Viruses for Molecular, Serology or Vaccine Development Purposes
- Ladda ner fulltext (pdf) av Methods of Inactivation of Highly Pathogenic Viruses for Molecular, Serology or Vaccine Development Purposes
Ingår i American Journal of Infection Control, s. 651-656, 2022
- DOI för Learning to interact with new technology: Health care workers' experiences of using a monitoring system for assessing hand hygiene - a grounded theory study
- Ladda ner fulltext (pdf) av Learning to interact with new technology: Health care workers' experiences of using a monitoring system for assessing hand hygiene - a grounded theory study
Ingår i JHEP Reports, 2022
- DOI för Characteristics of hepatitis C virus resistance in an international cohort after a decade of direct-acting antivirals
- Ladda ner fulltext (pdf) av Characteristics of hepatitis C virus resistance in an international cohort after a decade of direct-acting antivirals
Ingår i Infectious Diseases, s. 623-631, 2022
- DOI för Changes in testing and incidence of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae: the possible impact of the COVID-19 pandemic in the three Scandinavian countries
- Ladda ner fulltext (pdf) av Changes in testing and incidence of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae: the possible impact of the COVID-19 pandemic in the three Scandinavian countries
Usage of FTA (R) Classic Cards for Safe Storage, Shipment, and Detection of Arboviruses
Ingår i Microorganisms, 2022
- DOI för Usage of FTA (R) Classic Cards for Safe Storage, Shipment, and Detection of Arboviruses
- Ladda ner fulltext (pdf) av Usage of FTA (R) Classic Cards for Safe Storage, Shipment, and Detection of Arboviruses
Ingår i Journal of clinical medicine, 2022
- DOI för Impaired Antibody Response Is Associated with Histone-Release, Organ Dysfunction and Mortality in Critically Ill COVID-19 Patients.
- Ladda ner fulltext (pdf) av Impaired Antibody Response Is Associated with Histone-Release, Organ Dysfunction and Mortality in Critically Ill COVID-19 Patients.
Ingår i Burns, s. 1940-1949, 2022
- DOI för Infection control measures to stop the spread of sequence type 15 OXA-23-producing Acinetobacter baumannii in a Swedish Burn Center
- Ladda ner fulltext (pdf) av Infection control measures to stop the spread of sequence type 15 OXA-23-producing Acinetobacter baumannii in a Swedish Burn Center
Borrelia Ocular Infection: A Case Report and a Systematic Review of Published Cases
Ingår i Ophthalmic Research, s. 121-130, 2022
- DOI för Borrelia Ocular Infection: A Case Report and a Systematic Review of Published Cases
- Ladda ner fulltext (pdf) av Borrelia Ocular Infection: A Case Report and a Systematic Review of Published Cases
Ingår i Journal of the American Chemical Society, s. 2905-2920, 2022
- DOI för Ultralarge Virtual Screening Identifies SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors with Broad-Spectrum Activity against Coronaviruses
- Ladda ner fulltext (pdf) av Ultralarge Virtual Screening Identifies SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors with Broad-Spectrum Activity against Coronaviruses
Ingår i Journal of Hospital Infection, s. 9-15, 2022
- DOI för Source strength as a measurement to define the ability of clean air suits to reduce airborne contamination in operating rooms
- Ladda ner fulltext (pdf) av Source strength as a measurement to define the ability of clean air suits to reduce airborne contamination in operating rooms
Ingår i Journal of Hospital Infection, s. 108-111, 2022
- DOI för Evaluating the effect of Novarerus NV800 air purifier units during orthopaedic surgery to reduce bioburden in the air
- Ladda ner fulltext (pdf) av Evaluating the effect of Novarerus NV800 air purifier units during orthopaedic surgery to reduce bioburden in the air
Ingår i Viruses, 2022
- DOI för In-Flight Transmission of a SARS-CoV-2 Lineage B.1.617.2 Harbouring the Rare S:E484Q Immune Escape Mutation
- Ladda ner fulltext (pdf) av In-Flight Transmission of a SARS-CoV-2 Lineage B.1.617.2 Harbouring the Rare S:E484Q Immune Escape Mutation
Ingår i PLOS ONE, 2022
- DOI för Protein biomarker profiles in serum and CSF in 158 patients with PTLDS or persistent symptoms after presumed tick-bite exposure compared to those in patients with confirmed acute neuroborreliosis
- Ladda ner fulltext (pdf) av Protein biomarker profiles in serum and CSF in 158 patients with PTLDS or persistent symptoms after presumed tick-bite exposure compared to those in patients with confirmed acute neuroborreliosis
Ingår i Tropical Medicine and Infectious Disease, 2022
- DOI för Zoonotic Flavivirus Exposure in Peri-Urban and Suburban Pig-Keeping in Hanoi, Vietnam, and the Knowledge and Preventive Practices of Pig Farmers
- Ladda ner fulltext (pdf) av Zoonotic Flavivirus Exposure in Peri-Urban and Suburban Pig-Keeping in Hanoi, Vietnam, and the Knowledge and Preventive Practices of Pig Farmers
Ingår i Acta Pathologica, Microbiologica et Immunologica Scandinavica (APMIS), s. 34-42, 2022
- DOI för Potential impact of the COVID-19 pandemic on the national and regional incidence, epidemiology and diagnostic testing of chlamydia and gonorrhoea in Sweden, 2020
- Ladda ner fulltext (pdf) av Potential impact of the COVID-19 pandemic on the national and regional incidence, epidemiology and diagnostic testing of chlamydia and gonorrhoea in Sweden, 2020
Ingår i Acta Diabetologica, s. 1011-1018, 2022
- DOI för A decisive bridge between innate immunity and the pathognomonic morphological characteristics of type 1 diabetes demonstrated by instillation of heat-inactivated bacteria in the pancreatic duct of rats
- Ladda ner fulltext (pdf) av A decisive bridge between innate immunity and the pathognomonic morphological characteristics of type 1 diabetes demonstrated by instillation of heat-inactivated bacteria in the pancreatic duct of rats
Ingår i Antibiotics, 2022
- DOI för Molecular Detection of Colistin Resistance mcr-1 Gene in Multidrug-Resistant Escherichia coli Isolated from Chicken
- Ladda ner fulltext (pdf) av Molecular Detection of Colistin Resistance mcr-1 Gene in Multidrug-Resistant Escherichia coli Isolated from Chicken
Ingår i BMC Public Health, 2022
- DOI för Patterns of sexual behaviour associated with repeated chlamydia testing and infection in men and women: a latent class analysis
- Ladda ner fulltext (pdf) av Patterns of sexual behaviour associated with repeated chlamydia testing and infection in men and women: a latent class analysis