Cecilia Lindskog – Spatiotemporal singelcellkarta över människans vävnader

Målet med vår forskning är att skapa en högupplöst spatiotemporal singelcellkarta över människans vävnader med hjälp av transkriptomik, storskalig antikroppsbaserad proteomik, dataintegration och maskininlärning.

Under de senaste 20 åren har ett flertal storskaliga projekt genomförts med målet att kartlägga människans biologi på olika nivåer, inklusive kartläggning av människans alla gener och proteiner. Den kontinuerliga utvecklingen av alltmer avancerad omikteknologi skapar emellertid förutsättningar för förnyad analys med utökad bredd och djup. Analys av genernas uttryck har gått från studier på organ- och vävnadsnivå till utforskning av skillnader i uttryck mellan enskilda celler.

Multiomik och systembiologi

Vår forskning baseras på multiomik och systembiologi, där flertalet omikmetoder kombineras för att studera uttrycket av proteiner vid olika platser och tidpunkter. Vi använder oss främst av data från RNA-sekvensering i kombination med antikroppsbaserad proteomik för att kartlägga uttrycket av proteiner med hjälp av histologiska bilder. En av fördelarna med antikroppsbaserad proteomik är att det gör det möjligt att lokalisera proteinerna i deras naturliga miljö i intakta vävnadssnitt, vilket innebär att det är möjligt att särskilja den spatiala fördelningen av ett protein i olika celltyper eller subcellulära strukturer.

Vårt labb har etablerat en multiplex immunfärgningsmetod, baserad på fluorescens-konjugerade antikroppar, som möjliggör samtidig färgning av sex proteiner i ett och samma vävnadssnitt. Analys av samlokalisation mellan ett okänt protein och fem kända celltypspecifika markörer gör det möjligt att studera uttrycket av proteiner vid olika cellstadier och i celltyper som normalt är svåra att särskilja med blotta ögat. Även om vår forskning involverar studier av proteinuttryck i de flesta av kroppens vävnader, ligger vårt huvudsakliga fokus på normala vävnader inom reproduktionssystemet samt olika cancerformer i äggstock och prostata.

Human Protein Atlas

Vår forskargrupp är även knuten till Human Protein Atlas (HPA)-projektet, som inleddes 2003 med målet att kartlägga alla människans proteiner i vävnader, celler och blod, vid såväl hälsa som sjukdom. HPA-projektet är ett samarbete mellan Uppsala Universitet, Kungliga Tekniska Högskolan och Karolinska Institutet, som har lett till skapandet av en fritt tillgänglig databas (www.proteinatlas.org) som vuxit till att bli en av världens största nätbaserade biologiska resurser.

Vår forskargrupp bistår med profilering av människans gener och proteiner i frisk och sjuk vävnad, huvudsakligen genom antikroppsbaserad proteomik integrerat med transkriptomik på både vävnads- och singelcelltypsnivå.

Läs mer om vår forskning och Human Protein Atlas

Våra forskningsprojekt (endast på engelska)

Human Protein Atlas webbsida

Metoder för vävnadsprofilering inom Human Protein Atlas-projektet

Senast uppdaterad:

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin