Årets iGEM-studenter satsar på chipgineering
Den 22 september bänkade sig en stor studentskara i Siegbahnsalen på Ångströmlaboratoriet då studenter från Uppsala universitets iGEM-lag presenterade det projekt de ska tävla med i VM i syntetisk biologi.
Många var nyfikna på studenternas tävlingsbidrag till iGEM 2016, en internationell tävling i syntetisk biologi den 27-30 oktober i Boston, USA. Dit åker 9 av årets 18 iGEM-studenter inom bioteknik, biologi, biokemi och kemi. Tre olika grupper i laget har fokuserat på metoder för att utveckla såväl det uppmärksammade genverktyget CRISPR som mikrofluidiska chip.
Fredrik Lindeberg, 23 år, läser tredje året på civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik. Han har arbetat med att skräddarsy chip enligt en process gruppen kallar chipgineering och som ska förkorta steget till att modifiera gener.
– Det vi har gjort är att konstruera ett mikrofluidchip så att man kan transformera bakterien E. coli på ett smidigare sätt. Det finns många anledningar till att transformera mikroorganismer, bland annat för att introducera CRISPR-protein för att kunna studera genuttryck.
Vad kan den kunskapen användas till?
– Vår metod underlättar för forskare, iGEM-lag och andra som vill arbeta med celler på ett mer strömlinjeformat sätt. Med vår metod vill vi visa att mikrofluidiken är lättillgänglig även för dem som inte har någon tidigare erfarenhet av det. Tekniken gör det möjligt för fler att studera cellens molekylära processer och ge mer kunskap om till exempel cancergener, säger Fredrik Lindeberg.
Ett mikrofluidchip består av strukturer i form av mikrokanaler som fylls med små vätskeflöden. På så sätt går det studera hur cellerna hos E. coli-bakterien förflyttar sig och delar sig, men även styra och sortera celler efter vissa egenskaper.
Vad är fördelen med ert mikrofluidchip jämfört med andra?
– Vårt chip går väldigt snabbt och lätt att producera, och man behöver inte ett renrum för att göra det. Nu när 3D-printers uppnått så pass hög grad av noggrannhet kan man printa den här strukturen med alla små detaljer istället. Dessutom blir det billigare, en sån här chipmall som man kan gjuta kostar ungefär tio kronor styck att producera, säger Fredrik Lindeberg.
Mikrofluidchipet har mötts med nyfikenhet hos både studenter och lärare enligt Maria Hesselman, 20 år och student på kandidatprogrammet i molekylärbiologi.
– Många verkar tycka att det är ganska coolt att det går att göra så här för det vanliga sättet att tillverka chipen på är så pass avancerat. Vi har ju även fått hjälp av doktorander på BMC och de har gjort på ett helt annat sätt. Så de tycker också det här är spännande.
En av lagets ursprungliga idéer var att använda det uppmärksammade genverktyget CRISPR för att visa på effektiviteten hos ett nyligen upptäckt enzym, CRISPR-CPF1. Enzymets specialitet är att det kan skära av DNA-spiralen på olika ställen i varje sträng. Tyvärr blev tiden för knapp för att slutföra experimentet, säger Federico Turco, 26 år och student på masterprogrammet i molekylärbiologi.
– Fast vi har lärt oss väldigt mycket och jag tycker det här är en fantastisk möjlighet att som student få utveckla ett projekt och ha resurser att göra det. Universitetets satsning på iGEM borde bara bli större och större.
iGEM Uppsala i Vetenskapsradions specialprogram om CRISPR 25 mars 2016
Anneli Björkman