Behörighetskrav

Bioinformatisk strukturbiologi. Databasteknik I

Mål

Kursen skall ge kunskaper om, och färdigheter inom, tillämpningen av bioinformatiska verktyg på typiska biologiska frågeställningar.

Efter kursen skall studenten kunna

• identifiera och välja lämpliga publika databaser för att lösa ett givet biologiskt problem
• förklara principerna för kostnadsbaserade sekvensinpassningar
• implementera enklare algoritmer för datahantering i Perl
• förklara och motivera olika modeller för mönsterigenkänning
• skissera och tillämpa processen att göra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten
• välja och tillämpa (för det bioinformatiska problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
• kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från bioinformatiska analyser

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på sekvensdata och innehåller följande moment och aspekter:

Publika bioinformatiska databaser, deras utformning och sökverktyg. Identifiering av kodande sekvenser. Parvis och multipel sekvensinpassning, heuristiska metoder för sekvensinpassning. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av Perl. Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Fylogenianalys; parsimoni, distansmetoder, trolighetsbaserade metoder (maximum likelihood och Bayesianska analyser).

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.

Examination

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 3 hp.

För godkänd kurs krävs att samtliga datorövningar har redovisats skriftligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov.