Bioinformatisk strukturbiologi
Kursplan, Grundnivå, 1MB204
- Kod
- 1MB204
- Utbildningsnivå
- Grundnivå
- Huvudområde(n) med fördjupning
- Biologi G2F, Teknik G2F
- Betygsskala
- Med beröm godkänd (5), Icke utan beröm godkänd (4), Godkänd (3), Underkänd (U)
- Fastställd av
- Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 8 mars 2016
- Ansvarig institution
- Institutionen för biologisk grundutbildning
Behörighetskrav
60 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Cellbiologi och Grundläggande kemi.
Mål
Efter godkänd kurs ska studenten kunna
- redogöra för struktur av proteiner, DNA och RNA
- förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur
- beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
- förklara grundläggande principer för experimentella metoder för strukturbestämning av makromolekyler
- använda sekvens- och strukturdatabaser
- använda datorprogram för att visualisera tredimensionella strukturer och med hjälp av dessa kunna analysera struktur-funktionssamband
- bedöma validiteten hos information i strukturella databaser
- använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
- redogöra för mål, teoretisk bakgrund, etiska aspekter och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat
Innehåll
Makromolekylers uppbyggnad och egenskaper (proteiner, DNA, RNA). Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet, katalys och kooperativitet. Makromolekylers funktion belyst av ett antal exempel inom områden såsom enzymer, membranproteiner, signalering och translation.
Översikt av biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för analys och jämförelse av strukturer. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur, homologimodellering av tredimensionell struktur.
Undervisning
Föreläsningar, seminarier och datorövningar. Närvaro vid seminarier och deltagande i datorövningar är obligatorisk.
Examination
Skriftligt prov (3 hp), laborationer, övningar och seminarier (2 hp).
Litteraturlista
- Litteraturlista giltig från och med vårterminen 2021
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2019
- Litteraturlista giltig från och med vårterminen 2019
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2017
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2016, version 2
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2016, version 1