Bioinformatisk strukturbiologi

5 hp

Kursplan, Grundnivå, 1MB204

Det finns en senare version av kursplanen.
Kod
1MB204
Utbildningsnivå
Grundnivå
Huvudområde(n) med fördjupning
Biologi G2F, Teknik G2F
Betygsskala
Med beröm godkänd, icke utan beröm godkänd, godkänd, underkänd
Fastställd av
Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 25 april 2017
Ansvarig institution
Institutionen för biologisk grundutbildning

Behörighetskrav

60 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Cellbiologi och Grundläggande kemi.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

  • förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur
  • beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
  • bedöma validiteten hos information i makromolekylära strukturdatabaser, samt använda datorprogram för att visualisera och analysera makromolekylära strukturer utifrån funktionella frågeställningar
  • använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
  • redogöra för mål, teoretisk bakgrund, etiska aspekter och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat.

Innehåll

Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet och katalys

Översikt av biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för analys och jämförelse av strukturer. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur, homologimodellering av tredimensionell struktur. Forsknings- och publiceringsetik.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorövningar. Närvaro vid seminarier och deltagande i datorövningar är obligatorisk.

Examination

Skriftligt prov (3 hp), laborationer, övningar och seminarier (2 hp).

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin