Behörighetskrav

60 hp inom civiliingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Bioinformatisk strukturbiologi och Sannolikhet och statistik. Genomgången Databasteknik I och Programmeringsteknik II.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• förklara principerna för sekvensinpassning, mönsterigenkänning och fylogenianalys
• konstruera bioinformatiska arbetsflöden och använda skript för datahantering
• lösa givna biologiska problem genom att identifiera och använda lämpliga publika databaser samt välja och tillämpa existerande programvara
• kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat från bioinformatiska analyser

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på sekvensdata och innehåller följande moment och aspekter:

Publika bioinformatiska databaser, deras utformning och sökverktyg. Identifiering av kodande sekvenser. Parvis och multipel sekvensinpassning, heuristiska metoder för sekvensinpassning. Automatisering av bioinformatiska analyser med hjälp av skriptprogrammering. Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Metoder för fylogenianalys och mönsterigenkänning.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.

Examination

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 3 hp.

För godkänd kurs krävs att datorövningarna har redovisats skriftligen och muntligen och är godkända. Teoridelen examineras med ett skriftligt prov.