Bioinformatisk strukturbiologi
Kursplan, Grundnivå, 1MB204
- Kod
- 1MB204
- Utbildningsnivå
- Grundnivå
- Huvudområde(n) med fördjupning
- Biologi G2F, Teknik G2F
- Betygsskala
- Med beröm godkänd (5), Icke utan beröm godkänd (4), Godkänd (3), Underkänd (U)
- Fastställd av
- Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 30 augusti 2018
- Ansvarig institution
- Institutionen för biologisk grundutbildning
Behörighetskrav
60 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Cellbiologi och Grundläggande kemi.
Mål
Efter godkänd kurs ska studenten kunna:
- förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur
- beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
- bedöma validiteten hos information i makromolekylära strukturdatabaser, samt använda datorprogram för att visualisera och analysera makromolekylära strukturer utifrån funktionella frågeställningar
- använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
- redogöra för mål, teoretisk bakgrund, etiska aspekter och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat.
Innehåll
Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet och katalys
Översikt av biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för analys och jämförelse av strukturer. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur, homologimodellering av tredimensionell struktur. Forsknings- och publiceringsetik.
Undervisning
Föreläsningar, seminarier och datorövningar. Närvaro vid seminarier och deltagande i datorövningar är obligatorisk.
Examination
Skriftligt prov (3 hp), laborationer, övningar och seminarier (2 hp).
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.
Litteraturlista
- Litteraturlista giltig från och med vårterminen 2021
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2019
- Litteraturlista giltig från och med vårterminen 2019
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2017
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2016, version 2
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2016, version 1