Kursplan för Bioinformatiska analyser IIa

Bioinformatic Analyses IIa

Kursplan

  • 5 högskolepoäng
  • Kurskod: 1BG337
  • Utbildningsnivå: Avancerad nivå
  • Huvudområde(n) och successiv fördjupning: Biologi A1N, Teknik A1N

    Förklaring av koder

    Koden visar kursens utbildningsnivå och fördjupning i förhållande till andra kurser inom huvudområdet och examensfordringarna för generella examina:

    Grundnivå
    G1N: har endast gymnasiala förkunskapskrav
    G1F: har mindre än 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G1E: innehåller särskilt utformat examensarbete för högskoleexamen
    G2F: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    G2E: har minst 60 hp kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav, innehåller examensarbete för kandidatexamen
    GXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

    Avancerad nivå
    A1N: har endast kurs/er på grundnivå som förkunskapskrav
    A1F: har kurs/er på avancerad nivå som förkunskapskrav
    A1E: innehåller examensarbete för magisterexamen
    A2E: innehåller examensarbete för masterexamen
    AXX: kursens fördjupning kan inte klassificeras.

  • Betygsskala: Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
  • Inrättad: 2007-03-15
  • Inrättad av: Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden
  • Reviderad: 2018-09-17
  • Reviderad av: Naturvetenskapliga utbildningsnämnden
  • Gäller från: vecka 30, 2019
  • Behörighet: Bioinformatiska analyser I.
    Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)
  • Ansvarig institution: Institutionen för biologisk grundutbildning

Mål

Kursen fokuserar på evolutionära analyser och analyser av biologisk mångfald. Efter kursen skall studenten kunna

  • förklara och motivera olika modeller för sekvensevolution
  • förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
  • skissera och tillämpa processen att utföra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten
  • förklara principerna för aktuella multivariata metoder
  • välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på evolutionära analyser och innehåller följande moment och aspekter:

Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Fylogenianalys; träd och nätverk, parsimoni, distansmetoder, sannolikhetsbaserade metoder (maximum likelihood och Bayesiansk inferens). Multivariata metoder för datareduktion och visualisering (PCA och MDS).

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning,datorövningar och projektuppgift.

Examination

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp
Teoridelen examineras med ett skriftligt prov . Delkurserna datorövningar och projekt redovisas skriftligen.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t ex vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

Litteratur

Litteraturlista

Gäller från: vecka 30, 2019

Nätbaserat material.