Katja Petzolds forskargrupp

Vår forskargrupp är intresserad av att förstå hur RNA förändrar sina strukturer för att kunna utföra sina funktioner.

Strukturell biofysik hos RNA

Fram tills nyligen kunde endast ögonblicksbilder av molekyler observeras, vilket dolde deras funktionssätt. Vi använder kärnmagnetisk resonans (NMR) och andra biofysiska tekniker (t.ex RNA probing/SHAPE) för att undersöka de molekylära mekanismerna bakom RNA-funktion. När funktionen hos dessa molekylära maskiner blir uppenbar, öppnar det också upp för en mängd unika nya läkemedelsmål. Laboratoriet utvecklar metoder inom NMR och RNA-biokemi för att hantera dessa frågor. Nuvarande projekt inkluderar virala, bakteriella och eukaryota reglerande RNA, t.ex. mikroRNA, ribosomala RNA eller RNA från hepatit B-virus (HBV).

SciLifeLab

Livets kemiska mekanismer

Gruppmedlemmar

Forskningsledare: Katja Petzold

Gruppmedlemmar: Henry Annecke, Harish Balasubramanian, Katja Bekcic, Rubin Dasgupta, Tilde Eklöf, Gökalp Erogul, Vivek Junghare, Ripal Ajay Kasumbiwal, Rosalie Koros, Saskia Rughöft, Joanna Sajkowska, Luca Sperotto, Christian Steinmetzger, Jayanti Vaishnav

Publikationer

¹H R_1ρ relaxation identifies a hidden intermediate in DNA base-pairing

Dasgupta, Rubin; Steinmetzger, Christian; Ilgen, Julian; Petzold, Katja

Ingår i Nature Communications, 2026
- DOI för ¹H R_1ρ relaxation identifies a hidden intermediate in DNA base-pairing
- Ladda ner fulltext (pdf) av ¹H R_1ρ relaxation identifies a hidden intermediate in DNA base-pairing
Fibrillarin-dependent 2â²-O-methylation modulates RPS28 ribosome incorporation and oncogenic translation

Groza, Paula; Kumari, Kanchan; Esteva-Socias, Margalida; Schott, Johanna et al.

Ingår i Cancer Letters, 2026
- DOI för Fibrillarin-dependent 2â²-O-methylation modulates RPS28 ribosome incorporation and oncogenic translation
- Ladda ner fulltext (pdf) av Fibrillarin-dependent 2â²-O-methylation modulates RPS28 ribosome incorporation and oncogenic translation
RNA circularization preserves dynamics and enables in-cell relaxation NMR

Annecke, Henry T.P.; Bekcic, Katja; Toews, Sabrina; Feyrer, Hannes et al.

Ingår i Nucleic Acids Research, 2026
- DOI för RNA circularization preserves dynamics and enables in-cell relaxation NMR
- Ladda ner fulltext (pdf) av RNA circularization preserves dynamics and enables in-cell relaxation NMR
Targeted NMR signal enhancement of RNA by site-directed bis-nitroxide labeling

Dasgupta, Rubin; Steinmetzger, Christian; Wilson, Ancy T.; Chatterjee, Satyaki et al.

Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2026
- DOI för Targeted NMR signal enhancement of RNA by site-directed bis-nitroxide labeling
Mapping effective microRNA pairing beyond the seed using abasic modifications

Kosek, David; Petzold, Katja; Andersson, Emma R.

Ingår i Nucleic Acids Research, 2025
- DOI för Mapping effective microRNA pairing beyond the seed using abasic modifications
- Ladda ner fulltext (pdf) av Mapping effective microRNA pairing beyond the seed using abasic modifications
Fler publikationer