Omar Mahmud Warsis forskargrupp

Evolution av antibiotikaresistens och nya mikrobiella interaktioner

Vi är särskilt intresserade av att undersöka förändringarna i dessa multisystem över tid med hjälp av en kombination av helgenomsekvensering och proteomikmetoder, med målet att få nya insikter i de faktorer som styr utvecklingen av interspecifika interaktioner. De tre huvudfrågorna som vår nuvarande forskning behandlar är:

Ekologiska faktorers roll i utvecklingen av interspecifika interaktioner

Ekologiska interaktioner är allestädes närvarande i naturen och spelar en viktig roll för att diktera de ekologiska processerna i ett givet samhälle. Därför har mycket av forskningen under det senaste århundradet fokuserat på att öka vår förståelse för dessa ekologiska interaktioner. Drivkraften bakom dessa studier har dock ofta varit att förklara egenskaperna hos en befintlig ekologisk interaktion. Detta har resulterat i en stor lucka i vår förståelse av hur nya ekologiska interaktioner uppstår. Vår grupp fokuserar därför på att ställa två specifika frågor i detta avseende: 1) Vilka ekologiska förhållanden leder till att arter interagerar med varandra, och 2) Vad avgör om dessa interaktioner blir skadliga eller fördelaktiga?

Membranvesiklars roll i bakterie-bakterie- och bakterie-värd-interaktioner

Membranvesiklar är sfäriska tvåskiktade strukturer, 20-250 nm i storlek, som frigörs av alla bakterier genom avknoppning från membranet och som kan innehålla effektormolekyler. Även om flera studier har fokuserat på membranvesiklarnas roll i patogenicitet är det inte klart om dessa vesiklar spelar några ekologiskt relevanta funktioner som direkt påverkar bakteriernas fitness. Vi undersöker därför hur membranvesiklar isolerade från olika bakteriearter påverkar fitnessen hos den producerande stammen, med målet att definiera ekologiska förhållanden där selektion för en förändring i egenskaperna hos dessa membranvesiklar är ett adaptivt resultat.

Effekten av störningar på de evolutionära dynamikerna hos mikrobiella multisystem

Ekologiska samhällen påverkas av olika former av antropogena störningar som kan ha långvariga konsekvenser för dessa samhällen. Vi använder lättanvända mikrobiella multisystem för att undersöka dessa konsekvenser och hur de i sin tur påverkar utvecklingen av interspecifika interaktioner. För närvarande studerar vi hur dynamiken i dessa multisystem påverkas av störningar orsakade av låga nivåer av antibiotika, höga temperaturer och näringssvält. Vi strävar efter att få insikter i relationen mellan bakterieartens genetiska sammansättning och dess evolutionära dynamik efter störning