Patric Jerns forskargrupp

Vår forskning kretsar kring virus – värdinteraktioner och evolution genom att korsa genomik och virologi.

Retrovirus – Värd Evolution

Infektioner i könsceller har lämnat stort antal ärftliga endogena retrovirus (ERV), som utgör en katalog över historiska virus – värdinteraktioner som vi kan utvärdera för att bättre förstå biologin och långsiktiga associationer mellan virus och värdorganismer. Dessa studier drar nytta av den snabbväxande katalogen av genom från storkalig sekvensering för att utveckla beräkningsanalyser för att karakterisera ERV hos individer och över populationer.

Evolution bland retrovirus, ERV och värdar. Tre arter visas tillsammans med olika typer av retrovirusöverföringar. Överföring av infektiösa retrovirus (XRV, blå) följs av spridning och selektion (rött X), och fortsatt spridning av anpassade virus (XRV, gul). Ett retrovirus som infekterar en könscell kan nedärvas och anrikas i populationen. Även om det infektiösa viruset dör ut, kan det till och med efter artdelning ofta påträffas som ERV i arvsmassan (gula staplar). (Jern och Coffin, Annu Rev Genetics 2008).

För mer information:
ORCID: 0000-0003-3393-5825
Google scholar
GitHub

Gruppmedlemmar

Forskningsledare: Patric Jern

Gruppmedlemmar: Mette Lillie, Minna Sayehban, Malavi Sengupta

Publikationer

Contrasting segregation patterns among endogenous retroviruses across the koala population

Lillie, Mette; Pettersson, Mats; Jern, Patric

Ingår i Communications Biology, 2024
- DOI för Contrasting segregation patterns among endogenous retroviruses across the koala population
- Ladda ner fulltext (pdf) av Contrasting segregation patterns among endogenous retroviruses across the koala population
Wildlife endogenous retroviruses: colonization, consequences, and cooption

Jern, Patric; Greenwood, Alex D.

Ingår i Trends in Genetics, s. 149-159, 2024
- DOI för Wildlife endogenous retroviruses: colonization, consequences, and cooption
- Ladda ner fulltext (pdf) av Wildlife endogenous retroviruses: colonization, consequences, and cooption
Single-cell transcriptomics of human traumatic brain injury reveals activation of endogenous retroviruses in oligodendroglia

Garza, Raquel; Sharma, Yogita; Atacho, Diahann A.M.; Thiruvalluvan, Arun et al.

Ingår i Cell Reports, s. 113395, 2023
- DOI för Single-cell transcriptomics of human traumatic brain injury reveals activation of endogenous retroviruses in oligodendroglia
- Ladda ner fulltext (pdf) av Single-cell transcriptomics of human traumatic brain injury reveals activation of endogenous retroviruses in oligodendroglia
Expansion of a retrovirus lineage in the koala genome

Lillie, Mette; Hill, Jason; Pettersson, Mats; Jern, Patric

Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022
- DOI för Expansion of a retrovirus lineage in the koala genome
- Ladda ner fulltext (pdf) av Expansion of a retrovirus lineage in the koala genome
Heterochiasmy and the establishment of gsdf as a novel sex determining gene in Atlantic halibut

Edvardsen, Rolf Brudvik; Wallerman, Ola; Furmanek, Tomasz; Kleppe, Lene et al.

Ingår i PLOS Genetics, 2022
- DOI för Heterochiasmy and the establishment of gsdf as a novel sex determining gene in Atlantic halibut
- Ladda ner fulltext (pdf) av Heterochiasmy and the establishment of gsdf as a novel sex determining gene in Atlantic halibut
Fler publikationer