Behörighetskrav

60 hp inom programmet inklusive Grundläggande kemi, Organisk kemi, Cellbiologi, Bioorganisk kemi samt Bioinformatisk strukturbiologi.

Mål

Kursens mål är att förmedla kunskaper om funktion, struktur och variation hos bakterie- och eukaryota genom samt metoder (speciellt storskaliga) för att studera detta.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna

• översiktligt beskriva genomorganisationen hos bakterier och eukaryoter
• beskriva hur genomsekvensering genomförs samt redogöra för några storskaliga DNA-sekvenseringsteknologier
• redogöra för metoder för analys av genuttryck (inklusive storskalig analys)
• redogöra för betydelsen av genetisk polymorfism för fenotyp och olika hälsotillstånd samt redogöra för metoder (speciellt storskaliga) att studera detta
• redogöra för olika nivåer av helgenom-studier och globala analyser, inkluderande genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik (inklusive storskalig analys)
• hantera storskaliga experimentella dataset samt kritiskt diskutera hur kvalitet på data påverkar resultaten
• beskriva och utvärdera de forskningsmässiga, kommersiella och etiska konsekvenserna för samhället av utvecklingen inom genomik, funktionsgenomik och systembiologi

Innehåll

Kursen innehåller teori kring genomets struktur hos bakterier och eukaryoter Hur genom, transkriptom, proteom, och metabolom förhåller sig till och reglerar varandra. Vidare ingår teori kring genomvariation och dess betydelse för fenotypisk variation och sjukdomar. Moderna storskaliga metoder för analyser av dessa områden presenteras, inklusive hur storskaliga plattformar fungerar logistiskt och hur processer kvalitetssäkras. Bland de teknologier som behandlas ingår bl.a. sekvens- och hybridiseringsteknologi för genom och transkriptomanalys (t.ex. SOLiD, Sanger och Illumina sekvensning, oligonukleotidarrayer) samt proteomanalys (t.ex. "The human proteom project "och masspektroskopi). Vidare behandlas strategier att med hjälp av dessa teknologier finna och undersöka betydelsen av genomets variation för sjukdomstillstånd (t.ex. genome wide association studies). Under datorlaborationer får studenterna arbeta med att kvalitetssäkra och organisera data producerade av storskalig analysutrustning. Kursen tar även upp för samhället forskningsmässiga, kommersiella och etiska konsekvenser av utvecklingen inom detta område.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar, seminarier och datorlaborationer. Deltagande i seminarier och laborationer är obligatorisk.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp), seminarier och laborationsrapporter (2 hp).